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[求助]
请问同一个菌，有多个基因片段，如何合并后用mega建树？
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各位大佬，想问一下，我手上有一个菌的三个不同基因片段的序列，分别是ITS4-5、β-tubulin的两个序列、ef1-α的两个序列，想要将这三个基因片段合并后，与相同合并后的模式基因一起mega建树。 求助： 1.这三个基因片段用什么软件、怎么弄才能合并在一起成为一个可建树的序列？ 2.基因片段中，如its的4或5序列是随便选的吗？ 3.可否任意挑选三个基因中的任一序列，复制到记事本中后，成为一个序列再导入mega7，然后clustalw比对、手动修正左右两边的序列、建树？ 琢磨很久了，文献上只说进行 序列合并 或 基因片段合并 啥解释也没有了  |
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zhaozhibozhi
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先分别比对，掐头去尾。然后可以使用excel合并，注意同一菌株的串联（有个软件叫phylosuite也可以）。之后可以当做一个序列建树。当然最好指定每个基因起始位置，对每个基因选择最优模型后建ML树或贝叶斯树。NJ或MP树对远缘序列容易出问题 发自小木虫Android客户端 |
2楼2021-09-03 11:00:58