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木虫 (正式写手)

[交流] 设计引物求助

我用primer peimer5 设计引物时,下游引物插入的酶切位点的序列要输入正常序列还是反向互补序列?
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synhily

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
举个例子来说:
上游引物5-AATTCCGGAATTCCGG-3
下游引物5-ATCGATCGATCGATCG-3

现在要在上下游分别加上HindIII和BamHI保护碱基,那么从网上可以查到:
HindIII的酶切位点为:AAGCTT,保护碱基为:CCC
BamHI的酶切位点为:GGATCC,保护碱基为:CGC

那么加上保护碱基及酶切位点引物为:
上游:5-CCC   AAGCTT   AATTCCGGAATTCCGG-3
下游:5-CGC   GGATCC   ATCGATCGATCGATCG-3
5楼2009-08-19 09:53:34
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你说呢?其实你只要试一下就知道了或者画个简图就知道了,这样保证你印象深刻啊
primer有个自动分析酶切位点的功能,第一次用需要你自己导入所要分析的酶
2楼2009-08-18 21:18:40
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synhily

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
上下游引物设计好了以后,加入酶切位点的时候,从5到3的方向加上酶切位点即可。在酶切位点的外部(5端)加上保护碱基。

我明白你说的意思,保护碱基不用反向互补的加。
3楼2009-08-19 09:45:45
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zhaocy8903

木虫 (知名作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
酶切位点是回文序列
反相互补序列不变
4楼2009-08-19 09:52:19
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