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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MSD曲线斜率和时间
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岁月神刀

新虫 (正式写手)

[求助] MSD曲线斜率和时间 已有1人参与

关于MSD曲线和时间的困惑，我刚接触MS不久，对一个模型进行50ps的优化并得到MSD曲线，得到的扩散系数大概是1.8上下，后来感觉时间可能较短，就重新进行了500ps的优化，取200~300ps计算扩散系数，数值在0.6上下，不是很满意，然后对500ps的曲线取20~40ps一段进行计算，得到的扩散系数在1.5上下，这个数值和50ps的优化很接近，然后很自然的想法就是不同的阶段有不同的扩散系数，然后两者相互表征。我的学长把我的想法否决了，但我不是很明白为什么，有点不服气吧，因为20之前到470ps的MSD曲线都很平滑，整体和我的预期也很接近，感觉有点偏执现在，希望能有位大哥指点迷津。@oxox6085@smutao
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1楼 2021-08-14 14:13:41
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你模拟的时间太短了
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岁月神刀
2楼2021-08-16 10:21:26
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岁月神刀

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jluchemlib at 2021-08-16 10:21:26
你模拟的时间太短了

感谢回复。
我参考的论文是50ps，然后我也觉得可能有点短了就跑了个500ps进行一个对比。
对我来说这个时间的长度没有统一的标准，应该不是重点。

发自小木虫Android客户端
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3楼2021-08-16 21:04:11
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虾仁猪心晖

新虫 (初入文坛)
我也遇到了同样的问题，500ps的时候前300ps都很平稳，300ps之后就有了升高趋势，老师说这个还不稳定让我延长时间，我延长到了1000ps发现，800ps以前仍然很稳定，800ps时又有了上升趋势
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4楼2022-02-14 09:55:11
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