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【其他】想问几个分子动力学方面的基础问题
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1 我们说md通常模拟的是NVE系宗，但是在模拟开始是我们还经常对速度乘以相应的修正因子使温度平衡，保持在某一固定值，那么为什么我们不说模拟的是NVT系宗呢？ 2 我们用的最近临近原理求系统的总能量，比如下图的n，计算势能是考虑了一个在边界之外的j的相互作用，而在计算动能是则不计入j的动能了，那么能量还守恒吗？ --------------------- | | | n | j | | ------------------- 同理，在使用Edward求和时，我们计算了体系内粒子与外面无穷个盒子里的粒子的作用势能，而动能只算了体系内的，是不是能量就少了呢？ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:30 ] |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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coolrainbow(金币+2,VIP+0):谢谢啊，虽然对第二个问题还没有完全明白，回去理论推一下 8-18 08:53
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1. 答：在什么系综下计算，是指你在什么系综下求的平均。你求平均时没有校正动能的话，就是NVE系综。另外，速度标定法产生的也不是真正的NVT系综。 2. 答：能量是守恒的。计算势能的时候，考虑了周期性边界条件，即考虑了j 原子的作用，而力是由势能算出来的，加速度是由力算出来的，下一步（或本步）的速度一般是由加速度算来的，动能是由速度算来的。所以，不能说计算动能时没有考虑j原子的作用。 同理，Edward 求和的问题是一样的。 |
2楼2009-08-17 20:35:23
