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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白/酶 » 酶的保守序列会因为外界某种因素发生改变吗？
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yee~

新虫 (小有名气)

[求助] 酶的保守序列会因为外界某种因素发生改变吗？ 已有1人参与

本人最近在探究一种酶，但是这酶和现一种已知酶，序列极其相似，但是保守序列出有些不同。想着，这两个会不会就是同一个酶，而因为外界某种因素，但是其保守序列改变。对生物不是很懂，望大佬指教！

@gyesang 发自小木虫IOS客户端
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1楼 2021-06-16 16:54:43
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人
说得太含糊了，不同到什么程度。已知的酶和你要研究的酶是homolog, ortholog还是paralog？
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yee~
The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2021-06-17 11:11:58
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原海亮

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
通过信息学的比对，给未知基因或蛋白的功能研究提供参考，这是常用的思路，其实重要的是如何去验证你的猜想。

       你目前在研究的酶已经有很多研究文献了么？保守序列是如何确定的（一般是同家族的蛋白有一部分序列高度稳定）？与已知酶序列同源性有多高？等等

       如果想验证两个酶在进化上是否有相关性，一方面可以通过信息学进行比对分析建立进化树。另一方面可以从功能学方面去验证两个酶是否有相似的功能。最后，也应考虑不同酶的来源，宿主的生存环境，代谢途径等等，来为你的猜想提供数据支持，从而验证猜想。

       祝好！
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yee~
天空才是极限，我有信心飞的更高！
3楼2021-06-18 10:04:41
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yee~

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2021-06-17 11:11:58
说得太含糊了，不同到什么程度。已知的酶和你要研究的酶是homolog, ortholog还是paralog？

这不是特别懂，应该属于旁系。两者是这样的，A(发现的新酶)属于B（已知酶）家族。两者序列对比，功能保守序列有明显不同，包括结合位点的，活性中心的还有质子通道的。但是这个新发现的基因片段都是由群落里做PCR筛选和宏基因组分析获得的，没有纯菌株。然后猜想会不会是由于周围环境影响，导致B保守序列的改变形成了A。

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4楼2021-06-19 08:52:57
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yee~

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 原海亮 at 2021-06-18 10:04:41
通过信息学的比对，给未知基因或蛋白的功能研究提供参考，这是常用的思路，其实重要的是如何去验证你的猜想。

       你目前在研究的酶已经有很多研究文献了么？保守序列是如何确定的（一般是同家族的蛋白有一部 ...

您好，谢谢您的回答！
现在这个的文献不是很多，大多都是通过群落中PCR筛选和宏基因组分析，发现这个新的基因片段，有进行序列对比，两者相似度高，但又有明显不同，功能保守序列活性中心，结合位点以及质子通道氨基酸替换。没有纯菌，这种情况往后应该怎么分析。

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5楼2021-06-19 09:00:40
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原海亮

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by yee~ at 2021-06-19 09:00:40
您好，谢谢您的回答！
现在这个的文献不是很多，大多都是通过群落中PCR筛选和宏基因组分析，发现这个新的基因片段，有进行序列对比，两者相似度高，但又有明显不同，功能保守序列活性中心，结合位点以及质子通道氨 ...

你可以查阅一下已知酶的研究资料，了解一下已知酶从发现到功能研究的实验策略，比如酶蛋白是否可以异源表达，使用原核系统还是真核系统，酶蛋白的验证方法是什么，酶活力的测定方法有哪些等等。

研究宏基因组里筛选获得的基因，你可以通过异源表达的方式将该基因克隆至合适宿主，通过对该未知酶的表达、功能验证（可参考已知酶的研究方法）来确定所谓的保守序列的变化，是否影响或改变了酶的功能及活性，从而给未知酶的研究提供一些数据。
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天空才是极限，我有信心飞的更高！
6楼2021-06-21 08:53:03
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