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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】如何将MS优化好的几何结构导入到vnl中
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北宸

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何将MS优化好的几何结构导入到vnl中

使用dmol优化好了一个几何结构，现在想导入vnl来计算它的I-V曲线，哪位大侠可以给指条明路？谢谢了。
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1楼 2009-08-12 11:30:30
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zxdai

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
yjr(金币+1,VIP+0):xiexie!! 8-12 16:08
北宸(金币+5,VIP+0):谢谢大侠，我去试试，还有一个问题请教 8-12 17:22
这个简单，
你把DMOL优化的结果导出为CAR或者XYZ格式的文件，
然后再把这个XYZ格式的文件导入VNL就可以实现。
注意VNL能导入的xyz格式是要求为严格的xyz格式,即：

第一行：原子数
第二行：分子标志
第三行以后：
元素符号 x y z
...
赞一下(8人) 回复此楼
我灌水，你发金币（当然最好是人民币），和谐和谐
2楼2009-08-12 15:31:16
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北宸

金虫 (小有名气)
我想做石墨烯晶体结构的I-V曲线。把优化后的石墨烯导入后，能否自行定义两边电极。
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3楼2009-08-12 17:25:15
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anyipeng

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流 8-16 17:37
北宸(金币+2,VIP+0):谢谢，你说的是不是nanoribbon的例子呀？现在我在搭电极的时候遇到了麻烦 8-16 21:56
我和北宸妹妹讨论一下 , 应该可以的,管网有个有关石墨输运的例子,你可以看一看
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Welcomemyfriends![url=http://ip.ipwind.cn][img]http://ip.ipwind.cn/msn.png[/img][/url]
4楼2009-08-16 13:44:01
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北宸

金虫 (小有名气)
谢谢楼上的兄弟。现在我在搭电极的时候遇到了麻烦，能否指导一下如图这个电极是怎么搭建的呢？

[ Last edited by 北宸 on 2009-8-16 at 22:03 ]
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5楼2009-08-16 21:57:12
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北宸

金虫 (小有名气)

图

文献中的图
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6楼2009-08-16 22:02:16
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yjr

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zxdai at 2009-8-12 15:31:
这个简单，
你把DMOL优化的结果导出为CAR或者XYZ格式的文件，
然后再把这个XYZ格式的文件导入VNL就可以实现。
注意VNL能导入的xyz格式是要求为严格的xyz格式,即：

第一行：原子数
第二行：分子标志
第三行 ...

能否详细说明一下，谢谢！！我的xyz文件导入不了
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7楼2009-09-12 20:25:06
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yanzi8551

铁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
XYZ格式的文件做好之后，打开result browser，点一下右下角的open，然后找到.xyz的位置打开。直接拖进去不可以。但是不能做成双探针模型啊。

[ Last edited by yanzi8551 on 2009-9-16 at 13:13 ]
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8楼2009-09-16 13:05:54
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