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想早起的虫子新虫 (初入文坛)
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用Guassian计算溶质与溶剂之间的相互作用能 已有1人参与
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各位好，想请教下问题。一个体系中有A溶质，B溶质，C溶剂。 想用Gaussian计算A溶质与B溶质之间的相互作用能，是算一个A分子和一个B分子作用的总能量减去两个单体的能量吗？需要考虑溶剂吗？用隐式溶剂吗？用隐式溶剂需要用M062x吗？ 如果计算溶质A与溶剂C之间的相互作用能，是算溶质A分子和一个溶剂C分子作用的总能量减去两个单体的能量吗？这个需要考虑溶剂吗？ 自己计算了一下一个正庚烷分子与一个间甲酚分子的相互作用能，下面是输入文件 %nprocshared=15 %chk=ym7011.chk #p opt=(cartesian,gdiis) freq b3lyp/6-311++g(d,p) pop=nbo geom=connectivity Eab-Ea-Eb，得到的相互作用能为-0.414829kJ/mol，这是说明正庚烷和间甲酚之间没有相互作用力吗？是不是我没有考虑溶剂？ 还希望老师能解答一下，谢谢了 |
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zhou2009: 金币+10 2021-05-16 15:15:53
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1 可以用隐式溶剂模型代表溶剂c对于a和b的影响。 2 算法也很简单就是加上溶剂模型以后分别计算 a b ab的能量。（当然这里的能量，可以是电子能，可以是自由能。这个主要看你要讨论什么样的内容。电子能的话直接这样算就可以。如果是自由能，那最好还是要用到比较标准的“计算溶质在溶剂中的自由能的方法”，也就是 ：该分子在气态时候的自由能+该分子的溶解自由能+加上气相转为液相时候浓度变化产生的自由能变化 具体的流程可以参照 https://muchong.com/t-14242735-1 我这个1.5版教程 1.9.3节中的方法。帖子中的微云链接可以下载。 3 目前你用的方法b3lyp/6-311++g(d,p) 来研究很弱的相互作用是不好的， 通常要用m062x 并加上色散校正关键词 em=gd3 之后才比较稳妥。 4 如果作用能很弱 你可能还需要考虑 bsse，当然因为bsse本身不支持溶剂模型。所以你可以就用优化好的ab结构在气相中直接计算bsse 然后加到结合能里就可以。 也就是 结合能=e(ab)-e(a)-e(b)+e(bsse) 或者 结合自由能= g(ab)-g(a)-g(b)+e(bsse) 5 你目前得到的结果 是结合以后整体能量降低了 0.4kj， 那单从结果来看确实有一点点相互作用。 但是这个作用本身可能就是计算误差。而且b3lyp算结合能的误差很大的。并且你也没有考虑bsse 所以这个数值的可信度还存疑。 6 另外。两个分子如果都比较复杂。AB这个结合物在优化的时候最好要做构象搜索，从而保证可以得到能量最低的结合方式。 |
2楼2021-05-16 13:11:59
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