| 查看: 1162 | 回复: 1 | |||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者想早起的虫子将赠送您 28 个金币 | |||
想早起的虫子新虫 (初入文坛)
|
[求助]
用Guassian计算溶质与溶剂之间的相互作用能 已有1人参与
|
||
|
各位好，想请教下问题。一个体系中有A溶质，B溶质，C溶剂。 想用Gaussian计算A溶质与B溶质之间的相互作用能，是算一个A分子和一个B分子作用的总能量减去两个单体的能量吗？需要考虑溶剂吗？用隐式溶剂吗？用隐式溶剂需要用M062x吗？ 如果计算溶质A与溶剂C之间的相互作用能，是算溶质A分子和一个溶剂C分子作用的总能量减去两个单体的能量吗？这个需要考虑溶剂吗？ 自己计算了一下一个正庚烷分子与一个间甲酚分子的相互作用能，下面是输入文件 %nprocshared=15 %chk=ym7011.chk #p opt=(cartesian,gdiis) freq b3lyp/6-311++g(d,p) pop=nbo geom=connectivity Eab-Ea-Eb，得到的相互作用能为-0.414829kJ/mol，这是说明正庚烷和间甲酚之间没有相互作用力吗？是不是我没有考虑溶剂？ 还希望老师能解答一下，谢谢了 |
回复此楼» 猜你喜欢
湖南大学招收锂离子电池、离子液体、高分子与凝胶材料、电催化方向博士生多名
已经有5人回复
-
关于五水硝酸铋还原得到单质铋的问题
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有190人回复
-
山东省青年基金什么时候拨款
已经有34人回复
-
CES投稿
已经有2人回复
-
如何掌握一门外语？
已经有0人回复
-
企业为什么一定要做“专精特新”认定？如何成为专精特新企业？
已经有5人回复
-
求助ASIQwin新版本的软件
已经有0人回复
-
期待科研合作，共同发表论文
已经有198人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 586 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 26316.1
- 红花: 348
- 帖子: 2021
- 在线: 1440.5小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+10 2021-05-16 15:15:53
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+10 2021-05-16 15:15:53
|
1 可以用隐式溶剂模型代表溶剂c对于a和b的影响。 2 算法也很简单就是加上溶剂模型以后分别计算 a b ab的能量。（当然这里的能量，可以是电子能，可以是自由能。这个主要看你要讨论什么样的内容。电子能的话直接这样算就可以。如果是自由能，那最好还是要用到比较标准的“计算溶质在溶剂中的自由能的方法”，也就是 ：该分子在气态时候的自由能+该分子的溶解自由能+加上气相转为液相时候浓度变化产生的自由能变化 具体的流程可以参照 https://muchong.com/t-14242735-1 我这个1.5版教程 1.9.3节中的方法。帖子中的微云链接可以下载。 3 目前你用的方法b3lyp/6-311++g(d,p) 来研究很弱的相互作用是不好的， 通常要用m062x 并加上色散校正关键词 em=gd3 之后才比较稳妥。 4 如果作用能很弱 你可能还需要考虑 bsse，当然因为bsse本身不支持溶剂模型。所以你可以就用优化好的ab结构在气相中直接计算bsse 然后加到结合能里就可以。 也就是 结合能=e(ab)-e(a)-e(b)+e(bsse) 或者 结合自由能= g(ab)-g(a)-g(b)+e(bsse) 5 你目前得到的结果 是结合以后整体能量降低了 0.4kj， 那单从结果来看确实有一点点相互作用。 但是这个作用本身可能就是计算误差。而且b3lyp算结合能的误差很大的。并且你也没有考虑bsse 所以这个数值的可信度还存疑。 6 另外。两个分子如果都比较复杂。AB这个结合物在优化的时候最好要做构象搜索，从而保证可以得到能量最低的结合方式。 |
2楼2021-05-16 13:11:59