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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » vina分子对接，box模型的判断
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410666321

木虫 (正式写手)

毛毛虫

[求助] vina分子对接，box模型的判断 已有1人参与

auto dock vina做分子对接时，请问怎样判断对接box选择是否准确？原配体与受体打分差值怎样算准确？
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离该离，合该合，世间姻缘当看破。一世夫妻百世恩，今生憎会前世错。无情不来，冤亲难躲，烦什么？
1楼 2021-05-08 17:47:13
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学员0Vc46c

新虫 (小有名气)
可以吧或者box选择大一点  对接结果里有20种结合位置  看自己需要哪种

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2楼2021-05-16 23:41:59
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

box只要足够大，把口袋包裹起来就可以了。百度搜索【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)】，看看教程怎么说的吧。原配体对接是否准确（成功）应该看RMSD，打分倒是其次。一般认为打分＜ -4.0 kcal/mol才算有结合力。那篇教程有讲到。
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3楼2021-11-18 16:02:13
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