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请教关于进化树的一些基础问题
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小弟非微生物专业，但最近需要开展微生物分类的相关研究，牵扯到进化树，一直以来对于各种文章里的各种高大上的进化树都是“叹为观止”，但到实际操作的时候就懵逼了，看了一些教学视频和帖子，仍旧有如下几个疑问，还请大神帮忙指点，请务必详细通俗一些，谢谢。 1、使用megaX等软件进行序列比对环节，是否需要“掐头去尾”（去掉若干条序列两端无法对齐的序列片段）和“删除gaps”（把序列中间但凡是有一条序列中缺少碱基的核苷酸位点就给删掉，我内心对此做法持怀疑态度，万一不同物种中该基因的确存在indel怎么办？删除gaps岂不是忽略这些重要的信息？）两个环节的操作，保留所有待比对序列的共有核苷酸位点？ 2、比如说20个细菌的全基因组序列，使用megaX是不是就有些吃力或者比较慢了，那针对物种全基因组序列的进化树构建，有没有什么建树软件推荐？ 3、如何区分有根树和无根树？外类群是如何界定的（或者说外类群的选择就需要对所研究物种具有一定的进化认知才行？）？ |
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