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zzy329372570

银虫 (小有名气)

[求助] 求助,使用amber18的cpptraj从轨迹文件中提取rst文件缺少速度。

我想使用cpptraj从动力学轨迹文件中提取某一帧作为下一个动力学窗口的起始rst文件。指令操作如下:cpptraj
parm model.prmtop
trajin xxx.cdf 2000 2000 1
trajout 2000.rst7 restart
go
结果会生成一个2000.rst文件,但是我在使用这个文件进行下一步计算的时候,会报错,ERROR:   I could not find enough velocities in 13.5.rst7
此外,用这个指令生成的rst7文件大小与动力学自动保存的rst文件大小也不同。
想请问下这是什么原因啊?应该怎么修改cpptraj指令呢?谢谢~!
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zzy329372570

银虫 (小有名气)

更正一下,指令里的2000.rst7 跟报错中的13.5.rst7是同一个文件。文件名实际上是一致的,文中打错了。
2楼2021-04-23 18:38:29
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hdx1991

新虫 (著名写手)

你的轨迹中没有保存速度,你可以重新加热生成速度,固定住所有的骨架原子

发自小木虫Android客户端
3楼2021-04-23 18:43:20
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hdx1991

新虫 (著名写手)

amber轨迹一般不保存速度的,因为分析很少有用到

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2021-04-23 18:44:07
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zzy329372570

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hdx1991 at 2021-04-23 18:44:07
amber轨迹一般不保存速度的,因为分析很少有用到

我使用动力学结束之后自动保存的那个rst文件可以正常跑。因为最后一帧的构象不是我想要的 所以就想从轨迹文件中截取一个自己需要的。
5楼2021-04-23 18:47:47
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zzy329372570

银虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by hdx1991 at 2021-04-23 18:44:07
amber轨迹一般不保存速度的,因为分析很少有用到

非常感谢您的提醒,amber轨迹里没有速度信息。我想到怎么办了。我打算重新跑动力学,调整一下参数 让轨迹文件里保存速度信息。
6楼2021-04-23 19:47:56
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