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水壶呼呼

新虫 (小有名气)

[求助] 关于restart的问题

最近在使用restart时出现了一个比较问题,一直没想明白。有没有哪位大佬路过能帮忙看一下
有一组对比,分为A组B组。
A组计算过程:在一个in文件里包含弛豫和后续的计算。
B组计算过程:先弛豫,存一个restart二进制文件,再在一个in文件里将这个文件作为初始模型直接进行后续的计算。
具体代码如下:
B组:
存restart文件
shell mkdir initial
#--------------------------DEFINITION-------------------
units                 metal
dimension         3       
boundary        s s p
atom_style        atomic

read_data Cu.data

pair_style eam/alloy
pair_coeff * * Cu01.eam.alloy Cu
#------------------------equilibrium---------------------
timestep 0.002
velocity all create 300.0 12345

min_style cg
minimize 1e-18 1e-18 100000 100000
fix 1 all nve
fix 2 all temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0

dump 1 all custom 8000 ./initial/relax.*.dump id type x y z

run 8000
undump 1
write_restart ./initial/restart.equil


计算过程
shell mkdir config
read_restart restart.equili
pair_style eam/alloy
pair_coeff * * Cu01.eam.alloy Cu
reset_timestep 0
timestep 0.002
dump 2 all custom 1 ./config/shear.*.dump id type x y z  #c_eng c_1

  • dump_modify 2 delay 8875
    fix 3 all deform 1 z scale 0.92 remap x units box
    run 9001

    -----------------------------------------------------------------------------------------------
    A组
    shell mkdir initial
    shell mkdir config

    #--------------------------DEFINITION-------------------
    units                 metal
    dimension         3       
    boundary        s s p
    atom_style        atomic

    read_data Cu.data

    pair_style eam/alloy
    pair_coeff * * Cu01.eam.alloy Cu

    #compute eng all pe/atom
    #compute 1 all stress/atom NULL
    #------------------------equilibrium---------------------
    timestep 0.002
    velocity all create 300.0 12345

    min_style cg
    minimize 1e-18 1e-18 100000 100000
    fix 1 all nve
    fix 2 all temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0

    dump 1 all custom 1000 ./initial/relax.*.dump id type x y z

    thermo 2000
    thermo_style custom step lx ly lz press pe temp

    run 8000
    undump 1

    #-------------------------SHEAR---------------------------------
    reset_timestep 0
    timestep 0.002
    dump 2 all custom 1 ./config/shear.*.dump id type x y z  #c_eng c_1

  • dump_modify 2 delay 8875

    #thermo         100000
    #thermo_style        custom step temp ke pe press

    fix 3 all deform 1 z scale 0.92 remap x units box

    run 9001
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