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迪妮莎的泪

新虫 (小有名气)

[求助] 关于FISH的一些疑问

我方向是环境工程偏微生物(厌氧氨氧化),需要观察反应器内活的厌氧氨氧化细菌随时间数量的变化。看文献的描述,测定的方法是测MLVSS结合live/dead实验以及FISH实验,我的问题是:
1)FISH实验中,能够与探针原位杂交的细菌只是活的嘛,还是死的活的都能与探针杂交?原理是为什么
2)FISH实验中为何需要用多聚甲醛等物质对细菌进行固定这一步骤?固定是指固定细菌的移动还是形状还是其它?不固定后果是什么?
望大神解答感激不尽!

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109885487

银虫 (正式写手)

先回答(2),FISH的固定步骤主要是为了稳定大分子和细胞骨架结构,避免杂交的过程中细胞裂解。参考如下https://www.arb-silva.de/fish-pr ... =General%20overview,of%20the%20cells%20during%20hybridization.

这个过程基本上对细胞会造成很大影响,固定完细胞也差不多死了。

对于你提到的(1),我不清楚你指的是想只针对采样中的活细胞进行检测呢?还是说需要在检测中操持细胞活性?

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2021-03-16 00:45:29
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迪妮莎的泪

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 109885487 at 2021-03-16 00:45:29
先回答(2),FISH的固定步骤主要是为了稳定大分子和细胞骨架结构,避免杂交的过程中细胞裂解。参考如下https://www.arb-silva.de/fish-probes/fish-protocols/#:~:text=General%20overview,of%20the%20cells%20dur ...

非常感谢您的回答,对于1)我的意思是FISH中用到的探针,比如专门与大肠杆菌染色体杂交的探针,能够与初始状态的样品中死的大肠杆菌杂交吗,还是只能够与初始状态的样品中活的大肠杆菌杂交。我问这个问题是因为,我需要测定一个成分不单一(有多种细菌包含在内)的污泥中的其中一种细菌的活细菌数量随时间变化,而在看到的文献中为了测量这一种细菌的活菌数量,是用总的MLVSS(表示所有种类,活的死的细菌总的数量),乘以LIVE/DEAD值(表示所有细菌中活细菌的比例,但不区分细菌种类),再乘以FISH值(即用两种探针,一种是能够与所有细菌种类杂交的探针,另一种是只能够与目的种类的细菌杂交的特异性探针,即能够得到该目的细菌占所有细菌数量的比例),我不懂的就是,按照这种方法如果是正确的,那么FISH过程中是不是只有样品中原本活着的细菌才能够与探针杂交,样品中已经死的细菌,是不是细菌的染色体成分在死后很快就分解了(我不太了解细菌死亡后的生理过程),因此通过FISH杂交也检测不出来

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3楼2021-03-17 16:28:49
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迪妮莎的泪

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 109885487 at 2021-03-16 00:45:29
先回答(2),FISH的固定步骤主要是为了稳定大分子和细胞骨架结构,避免杂交的过程中细胞裂解。参考如下https://www.arb-silva.de/fish-probes/fish-protocols/#:~:text=General%20overview,of%20the%20cells%20dur ...

就是指的前者

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4楼2021-03-17 16:30:46
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迪妮莎的泪

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 109885487 at 2021-03-16 00:45:29
先回答(2),FISH的固定步骤主要是为了稳定大分子和细胞骨架结构,避免杂交的过程中细胞裂解。参考如下https://www.arb-silva.de/fish-probes/fish-protocols/#:~:text=General%20overview,of%20the%20cells%20dur ...

您好,请问能回复我一下嘛

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5楼2021-03-19 22:49:36
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