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点点兔

新虫 (小有名气)

[求助] 双底物动力学公式计算 已有1人参与

第一次,接触双底物的动力学计算,我查阅文献看文章中是在不同浓度的底物b下,改变底物a的浓度,每个浓度底物b下,根据双导数作图拟合成直线,然后需要根据公式计算,出kma、vmax、kmb等。但双底物动力学公式有3种:随机机制、顺序机制、乒乓机制(乒乓机制还包括单底物抑制,需要求kmb')。但我做出曲线了,但不知道它应该用哪个公式,也不知道怎样计算出kma、kmb、vamx等。请问我应该选择哪个公式呢?有应该如何计算呢?还是只用其他软件拟合就可以直接得出kma、vamx、kmb吗?

双底物动力学公式计算


双底物动力学公式计算-1


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fuyuandj86

版主 (著名写手)

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感谢参与,应助指数 +1
双底物模型一般是指转移酶之类的东西把底物A的一部分接到底物B上。
比如说把一个甲基从SAM分子上弄下来转移到腺嘌呤上,就是DNA甲基转移酶。
那么这个甲基转移酶既要结合SAM,也要结合腺嘌呤。
ping-pong model是指SAM先把甲基转移到酶上,然后酶再把甲基转移到DNA上,整个反应其实是分两步完成的。
ternary complex model是指SAM直接把甲基转移到腺嘌呤上,整个反应一步完成。
其中ternary complex又分为两种:
compulsory order是指,酶结合SAM和腺嘌呤必须按照一定顺序,必须先结合一个才能结合另一个。
random order是指,酶结合SAM和腺嘌呤不需要服从顺序,先结合哪个都行。
The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2021-03-07 10:31:39
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点点兔

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2021-03-07 10:31:39
双底物模型一般是指转移酶之类的东西把底物A的一部分接到底物B上。
比如说把一个甲基从SAM分子上弄下来转移到腺嘌呤上,就是DNA甲基转移酶。
那么这个甲基转移酶既要结合SAM,也要结合腺嘌呤。
ping-pong model是 ...

我想请问一下问的是应该使用哪个公式。我感觉我一个使用第一个乒乓机制的公式,但乒乓机制的公式中的所有的斜率为kma/vmax,但为什么我的每条直线的斜率都不同呢?

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3楼2021-03-11 10:55:56
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