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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

[交流] 【求助】vnl_file.addToSample(h2o, 'h2o') 的详细解释?

ATK手册 58页
# Import the KohnSham module from ATK          
from ATK.KohnSham import *          
# Set up elements and positions          
elm = [ Oxygen, Hydrogen, Hydrogen ]          
pos = [ ( 0.000, 0.000, 0.0)*Angstrom,          
( 0.757, 0.586, 0.0)*Angstrom,         
(-0.757, 0.586, 0.0)*Angstrom ]          
# Add them to a configuration          
h2o = MoleculeConfiguration(elm,pos)          
# Open a VNL file and add the molecule to it
         
vnl_file = VNLFile('h2o.vnl')          
vnl_file.addToSample(h2o, 'h2o')
最后这两句该如何理解?
因为书中没有addToSample的解释,
我的理解是
第一句:建立一个名字为 h2o的vnl文件,不附带任何操作。
第二句:前一个h2o代表上面的几何构型,后一个h2o代表上面所建立的vnl文件的名字。
这样理解对吗?

如果是这样理解,那么软件自带的lih2li例子中的:lih2li_trans.py 中的
vnlfile = VNLFile("lih2li_trans.vnl"
vnlfile.addToSample(trans_spectrum,'lih2li')
如何理解?这才是我真的想问的问题。


呜呜,今天领红包领了个-4,so,只有一个金币left了,就送一个金币la。
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freshgirl

木虫 (正式写手)


fangyongxinxi(金币+1,VIP+0): 8-3 15:14
首先vnlfile.addToSample这个函数的功能,是添加新的function运算结果至目标文件。

接下来,vnlfile.addToSample(trans_spectrum,'lih2li')就好理解了,是将trans_spectrum这个function运算出来的结果添加至名为'lih2li'的vnl文件中。这样,你运算后产生的vnl文件,才会显示trans_spectrum的运算结果。

最后回到vnl_file.addToSample(h2o, 'h2o') 的理解就给完整了,是将h2o这个function定义的水分子结构添加到名为'h2o'的vnl文件中。所以当你大概h2o.vnl文件时,才会显示水分子的构型。

希望给你解释清楚了。
2楼2009-08-01 15:05:14
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