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【原创】Energy difference between successive steps in dynamics is greater than t
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Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000 这个问题在我的机子上出现了几天？小弟现在把解决心得说出来听听。希望大家今后可以少走弯路。 1 当最初我出现这个问题的时候，我到网上搜了搜答案。网上有两个版本：首先，在dynamics的时候，调整小一点timesteps 由默认的1fs调整到0.5fs，第二，在NVT ensenmble中，调大energy convergence 这个我不建议，我个人觉得这影响精度。 2.我照着网上做了，但是还是没有解决问题。仔细分析原因，原来是minimizer 没有在局部找到能量最低点，在这里我设置成5000步的iteration都没有收敛，方法是用的最速下降法。后来改为用newton方法的BFGS算法成 3.minimizer 收敛后，我才dynamics，仍然采用nvt ensemble，energy diviation 采用5000 kal/mol,（默认值），把timesteps调小到0.5fs。结果收敛。 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:32 ] |
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