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xianyuanshan木虫 (正式写手)
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[交流]
【讨论】流感病毒HA蛋白三维结构中的氨基酸序号问题
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众多文献在讨论H1N1流感病毒的HA蛋白结构时，都会提到RBS（受体结合位点）上的某些氨基酸的重要性。比如L226Q，S228G等，都直接与受体结合特异性和宿主范围有关。 这其中的氨基酸序列编号（如226、228等），并非HA全长序列的编号（即从起始氨基酸Met），也不是从信号肽之后第一个氨基酸开始编号，而是依据测定过的HA三维结构来的（如1RUZ、1RUY）。这些PDB文件中，第一个氨基酸一般都编号为5（前4个缺失），但这第5号氨基酸一般也都是NCBI中检索到的HA全长序列（如AAD17229、AAD25303等）的第18位。这也就是说，HA三维结构中的第一个氨基酸编号相当于HA全长序列的第14位，为什么编号会有这种差别？ 从文献1中看到，HA序列的编号的依据（参照的H3N2的HA蛋白），参考的是文献2，我大致看了文献2，从中没发现编号的原则。 结合H3N2的一个氨基酸全长序列（NCBI登录号：AAK51718）和三维结构（PDB编号：2HMG）来看，三维结构的第一个氨基酸正是全长序列的第17位（前16为信号肽），这里是相符的。 那么，现在我的疑问是： (1)为什么都要依据H3N2的序号编写规则来对所有流感病毒亚型（包括H1N1）的HA进行编号呢？这个规则是以三维结构为基础再来返回到序列么？ (2)蛋白质全长序列首尾两端的三维结构为何比较难测定？ 难者不会，会者不难，也许在内行看来这不算是什么问题，请指教！先谢！ reference： 1、(science,2004)The Structure and Receptor Binding Properties of the 1918 Influenza Hemagglutinin. 2、(Annu. Rev. Biochem,2000)Receptor binding and membrane fusion in virus entry-the influenza hemagglutinin. 3、第一篇HA结构测定文献（来源似乎是1968年H3N2 hongkong株): (Nature, 1981)Structure of the haemagglutinin membrane glycoprotein of influenza virus at 3 A resolution. [ Last edited by xianyuanshan on 2009-7-29 at 15:42 ] |
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