24小时热门版块排行榜    

查看: 1367  |  回复: 3
【悬赏金币】回答本帖问题,作者fyc801将赠送您 50 个金币

fyc801

金虫 (正式写手)


[求助] Core/shell partner atom not found是什么原因?

大家好!我用lammps计算BaTiO3材料,用的core/shell模型。参考了手册的in文件写法,出现了错误“Core/shell partner atom not found”。手册的解释是Could not find one of the atoms in the bond pair. 我一直没想明白是哪里出了问题。寻求大家的帮助,十分感激。

data文件是

LAMMPS Description

        1250 atoms
         625 bonds

6 atom types
3 bond types

0   20.0500011445000      xlo xhi
0   20.0500011445000      ylo yhi
0   20.0500011445000      zlo zhi

Masses

1          47.867
2          0.0001
3          137.327
4          0.0001
5          15.9994
6          0.0001

Atoms

    1    1    1     4.7600     2.0050     2.0050     2.0050
    2    1    2    -1.5800     2.5050     2.5050     2.5050
    3    2    3     5.6200     0.0000     0.0000     0.0000
    4    2    4    -3.7600     0.5000     0.5000     0.5000
    5    3    5     0.9100     0.0000     2.0050     2.0050
    6    3    6    -2.5900     0.5000     2.5050     2.5050
(...)


Bonds

      1      1      1      2
      2      2      3      4
      3      3      5      6
      4      3      7      8
      5      3      9     10
(...)





in文件是

units                real
atom_style        full
boundary         p p p

#read_restart    restart.6523
read_data      BaTiO3-5x5x5.dat
run_style        verlet

group cores type 1 3 5
group shells type 2 4 6

compute CSequ all temp/cs cores shells
fix thermoberendsen all temp/berendsen 300 300 100   
fix thermostatequ all nve
fix_modify thermoberendsen temp CSequ


comm_modify vel yes
velocity all create 300.0 134 bias yes temp CSequ
velocity all scale 300.0 temp CSequ

pair_style     buck/coul/long/cs 10.0
pair_modify   shift yes
pair_coeff    * * 0.0 1.0 0.0
pair_coeff    2 6 104378.5 0.25239 0.0 #Ti-O
pair_coeff    4 6 19935.1 0.38729 0.0 #Ba-O  
pair_coeff    6 6 94604.04 0.29581 300.0 #O-O  

kspace_style pppm 1.0e-4   

bond_style  harmonic
bond_coeff      1 7401.852  0.0
bond_coeff      2 5787.741  0.0
bond_coeff      3 2335.158  0.0



thermo_style    custom  step  vol press pe  epair ebond ecoul  enthalpy temp
thermo_modify temp CSequ
thermo          100000
timestep        1




fix             1 all nvt temp 300.0 300.0 100 drag 2.0
dump            1 all xyz 100000 all.xyz
run             1000000
unfix  1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

好学又懒惰

新虫 (小有名气)

请问你的手册从哪下载的

发自小木虫Android客户端
2楼2021-04-17 21:15:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ch0722

银虫 (初入文坛)

请问楼主的问题解决了吗?我也想用lammps做BaTiO3材料,建模问题想请教一下楼主
3楼2021-04-27 19:02:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

54疯癫

铁虫 (初入文坛)

壳核间距太远了?
4楼2022-05-03 13:25:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fyc801 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-20 7/350 2026-03-21 19:05 by 15709483992
[考研] 296求调剂 +4 www_q 2026-03-20 4/200 2026-03-21 17:26 by 学员8dgXkO
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 279求调剂 +5 红衣隐官 2026-03-21 5/250 2026-03-21 14:59 by lature00
[考研] 306求调剂 +4 chuanzhu川烛 2026-03-18 4/200 2026-03-21 08:25 by laoshidan
[考研] 083200学硕321分一志愿暨南大学求调剂 +3 innocenceF 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:35 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 冬十三 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:16 by JourneyLucky
[考研] 323求调剂 +3 洼小桶 2026-03-18 3/150 2026-03-20 22:54 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 281求调剂(0805) +14 烟汐忆海 2026-03-16 25/1250 2026-03-20 15:47 by yuncha
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 3/150 2026-03-20 11:58 by 呱呱呱呱叫
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 0854可跨调剂,一作一项核心论文五项专利,省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
信息提示
请填处理意见