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piaoran168金虫 (正式写手)
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【其它】如何用G-view来画交错型的二茂铁
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各位好，最近做了一个关于二茂铁的配合物，需要画出交错型的二茂铁。用G-View来画了，调整二面角了，从垂直的方向来看，感觉很像是交错型的，就进行了优化加频率计算了。可是输出的结果优化和频率都结束了，无虚频，但是显示得到的是重叠型的结构。由化学知识可知，应该得到的是交错型的，可是怎么又变成重叠型呢？ 请教各位高手，这样得到的结果是不是不可靠啊，能用吗？还是我这样调整一下二面角不规范，得到的结构也不稳定？那么该如何进行计算呢？ 另外，画二茂铁结构的时候，Fe原子和Cp环之间的离域键要不要表示出来啊？要不是出来，用一根键连接环的中心和Fe原子来表示，还是Cp上每一个碳原子与Fe原子成键都表示出来，急五个键来表示呢？ 请大家帮忙指点迷津吧？  [ Last edited by dongdong3881 on 2009-12-14 at 16:08 ] |
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首先我们构造环戊烯结构。利用环状基团工具中的环戊二烯基团按钮（GaussView没有环戊烯基团模型）点击空窗口，构造出环戊二烯（技巧4）。 用删除工具删除CH2的两个氢原子。再用加氢工具加一个氢原子即可得到正确取向的氢（技巧3）。用点群工具将该结构对称化为D5h点群（容差值为0.3），同时选中“Always track point group symmetry”。这样用键长工具将任一个C-C键长设为1.44Å，键型设为“共轭双键”，则其余四个C-C键都拥有同等键长和键型。同时具有D5h点群对称性的环戊烯分子中心就是坐标原点（技巧5）。 显示坐标轴，用鼠标操作使分子的xy平面大致处于屏幕平面，然后在坐标中心的位置点击添加一个虚原子（技巧10），如上图所示。这个虚原子后面有用。 下面我们构造另一个平行的环戊烯分子。 打开晶体工具，选择c方向的晶格长度为3.33Å，并设c方向的重复单元为2，点“Combine”合并，便得到如下图所示的两个相距3.33Å且平行的环戊烯结构（技巧6）。 取消掉周期性条件。但此时可以看到坐标轴原点不在两分子的中点位置，这样不利于添加铁原子以及后续操作。为此，我们打开点群工具，将分子点群对称化为D5h。，这样坐标轴原点就恰好在两分子的中点位置（技巧5）。由于二茂铁中两个环戊烯是交错的构象，所以我们可以利用例1中的方法将其中一个环戊烯绕分子主轴旋转36度既可（但事先必须打开点群工具将“Constrain to subgroup”设为C1，否则D5h的对称性限制使得该旋转操作无法进行），如下图所示（技巧9）。 接着用鼠标操作使分子的yz平面大致处于屏幕平面，在坐标中心的位置点击添加一个铁原子（技巧10）。用删除工具删除两个虚原子，但我们会看到残余的十个键（原先的C-X键）。当然我们用删除工具手工一个个删除。更简单的方法是，点击“重新键连”（“Rebond”）按钮（或选择菜单Edit > Rebond）即可消除那些残键。 最后用点群工具将整个分子对称化。但我们会发现尽管GaussView识别分子属于D5d点群，但无论怎么点击“Symmetrize”按钮，分子仍然保持C1点群。其原因是模型中仍有一些残键，这些残键是我们在使用晶体工具时留下的，因为当时的晶胞较小，相邻晶胞内原子自动成键。因此我们需要打开原子列表窗口，选中那些残键（元素符号是“?”的那些），然后删除即可。此时再对称化就能得到D5h的二茂铁结构（技巧5）。 |
2楼2009-07-28 22:15:39
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