| 查看: 1064 | 回复: 6 | ||||
| 当前主题已经存档。 | ||||
piaoran168金虫 (正式写手)
|
[交流]
【其它】如何用G-view来画交错型的二茂铁
|
|||
|
各位好，最近做了一个关于二茂铁的配合物，需要画出交错型的二茂铁。用G-View来画了，调整二面角了，从垂直的方向来看，感觉很像是交错型的，就进行了优化加频率计算了。可是输出的结果优化和频率都结束了，无虚频，但是显示得到的是重叠型的结构。由化学知识可知，应该得到的是交错型的，可是怎么又变成重叠型呢？ 请教各位高手，这样得到的结果是不是不可靠啊，能用吗？还是我这样调整一下二面角不规范，得到的结构也不稳定？那么该如何进行计算呢？ 另外，画二茂铁结构的时候，Fe原子和Cp环之间的离域键要不要表示出来啊？要不是出来，用一根键连接环的中心和Fe原子来表示，还是Cp上每一个碳原子与Fe原子成键都表示出来，急五个键来表示呢？ 请大家帮忙指点迷津吧？  [ Last edited by dongdong3881 on 2009-12-14 at 16:08 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 仿真建模与计算 |
» 猜你喜欢
重庆交大26年硕士生招生拟调剂通知已出！欢迎加入光子学微结构与器件课题组。
已经有0人回复
-
UJN物理学专业调剂
已经有12人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有165人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有0人回复
-
北京纳米能源与系统研究所王中林院士/曹南颖研究员课题组招收2026硕士研究生1名
已经有0人回复
-
山西大同大学物理学硕士研究生招收调剂生
已经有0人回复
-
[调剂信息]211智能人工感知方向国家青年特聘专家课题组招收调剂研究生
已经有0人回复
-
［调剂信息］211智能人工感知方向国家青年特聘专家课题组招收调剂研究生
已经有0人回复
-
[调剂信息]211智能人工感知方向国家青年特聘专家课题组招收调剂研究生
已经有0人回复
-
一志愿物理所凝聚态物理352求调剂
已经有0人回复
8tao7
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1483.3
- 散金: 12
- 红花: 1
- 帖子: 229
- 在线: 158.2小时
- 虫号: 583342
- 注册: 2008-07-25
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+10,VIP+0):很详细，感谢交流！ 9-12 18:46
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+10,VIP+0):很详细，感谢交流！ 9-12 18:46
|
首先我们构造环戊烯结构。利用环状基团工具中的环戊二烯基团按钮（GaussView没有环戊烯基团模型）点击空窗口，构造出环戊二烯（技巧4）。 用删除工具删除CH2的两个氢原子。再用加氢工具加一个氢原子即可得到正确取向的氢（技巧3）。用点群工具将该结构对称化为D5h点群（容差值为0.3），同时选中“Always track point group symmetry”。这样用键长工具将任一个C-C键长设为1.44Å，键型设为“共轭双键”，则其余四个C-C键都拥有同等键长和键型。同时具有D5h点群对称性的环戊烯分子中心就是坐标原点（技巧5）。 显示坐标轴，用鼠标操作使分子的xy平面大致处于屏幕平面，然后在坐标中心的位置点击添加一个虚原子（技巧10），如上图所示。这个虚原子后面有用。 下面我们构造另一个平行的环戊烯分子。 打开晶体工具，选择c方向的晶格长度为3.33Å，并设c方向的重复单元为2，点“Combine”合并，便得到如下图所示的两个相距3.33Å且平行的环戊烯结构（技巧6）。 取消掉周期性条件。但此时可以看到坐标轴原点不在两分子的中点位置，这样不利于添加铁原子以及后续操作。为此，我们打开点群工具，将分子点群对称化为D5h。，这样坐标轴原点就恰好在两分子的中点位置（技巧5）。由于二茂铁中两个环戊烯是交错的构象，所以我们可以利用例1中的方法将其中一个环戊烯绕分子主轴旋转36度既可（但事先必须打开点群工具将“Constrain to subgroup”设为C1，否则D5h的对称性限制使得该旋转操作无法进行），如下图所示（技巧9）。 接着用鼠标操作使分子的yz平面大致处于屏幕平面，在坐标中心的位置点击添加一个铁原子（技巧10）。用删除工具删除两个虚原子，但我们会看到残余的十个键（原先的C-X键）。当然我们用删除工具手工一个个删除。更简单的方法是，点击“重新键连”（“Rebond”）按钮（或选择菜单Edit > Rebond）即可消除那些残键。 最后用点群工具将整个分子对称化。但我们会发现尽管GaussView识别分子属于D5d点群，但无论怎么点击“Symmetrize”按钮，分子仍然保持C1点群。其原因是模型中仍有一些残键，这些残键是我们在使用晶体工具时留下的，因为当时的晶胞较小，相邻晶胞内原子自动成键。因此我们需要打开原子列表窗口，选中那些残键（元素符号是“?”的那些），然后删除即可。此时再对称化就能得到D5h的二茂铁结构（技巧5）。 |
2楼2009-07-28 22:15:39
8tao7
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1483.3
- 散金: 12
- 红花: 1
- 帖子: 229
- 在线: 158.2小时
- 虫号: 583342
- 注册: 2008-07-25
- 专业: 理论和计算化学
3楼2009-07-28 22:19:12
piaoran168
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2976
- 散金: 1912
- 红花: 6
- 帖子: 761
- 在线: 616.9小时
- 虫号: 682899
- 注册: 2008-12-27
- 性别: MM
- 专业: 无机药物化学
4楼2009-07-29 09:28:27
8tao7
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1483.3
- 散金: 12
- 红花: 1
- 帖子: 229
- 在线: 158.2小时
- 虫号: 583342
- 注册: 2008-07-25
- 专业: 理论和计算化学
5楼2009-07-29 11:01:31
piaoran168
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2976
- 散金: 1912
- 红花: 6
- 帖子: 761
- 在线: 616.9小时
- 虫号: 682899
- 注册: 2008-12-27
- 性别: MM
- 专业: 无机药物化学
6楼2009-07-30 11:12:20
piaoran168
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2976
- 散金: 1912
- 红花: 6
- 帖子: 761
- 在线: 616.9小时
- 虫号: 682899
- 注册: 2008-12-27
- 性别: MM
- 专业: 无机药物化学
7楼2009-07-30 11:12:59
