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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】求助！！！关于Gaussian
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jxzxm98

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求助！！！关于Gaussian

知道木虫的高手多，特此向虫友们请教；今天看了篇相关的文献，里面有这么段话：We used chem3D (CambridgeSoft) to create the input files of Gaussian. For binary mixture, we constructed two molecules of binary mixture in chem3D together and constructed the input file of Gaussian using chem3D.
理解不了，是否Gaussian软件具有某些功能，可以模拟拼接之类的；要不二元复合体系的相关参数怎么得到的呢？
PS：我做的是QSAR，然后查到相关文献有此疑问；
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1楼 2009-07-27 18:13:02
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greatqi

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
jxzxm98(金币+1,VIP+0):2 7-28 18:35
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
Chem3D和Chemdraw是共显示联用的。如果你想拼接两个分子可以直接在Chemdraw画出来，然后自然就可以看到拼接的两个分子。拼接后可以直接输出the input files of Gaussian。
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2楼2009-07-28 08:18:57
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jxzxm98

金虫 (正式写手)
请问在chemdraw里面如何拼接两分子？，如果可以拼接的话，是否左右、上下等空间差异会导致相关参数的不同，如果是的话，那这篇文献有是如何确定的呢？
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3楼2009-07-28 08:47:30
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zyy816

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
jxzxm98(金币+2,VIP+0): 7-28 18:35
yuhuobuku(金币+3):欢迎参加讨论
所谓对接，应该是调整两个分子在空间合适位置吧
估计作者是根据经验或者其它有机知识，在chem3d里面调整好两个分子的相对空间位置，然后用gs的输入文件方式输出，如果这样的话，其实用gview更加好用
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4楼2009-07-28 15:12:24
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jxzxm98

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyy816 at 2009-7-28 15:12:
所谓对接，应该是调整两个分子在空间合适位置吧
估计作者是根据经验或者其它有机知识，在chem3d里面调整好两个分子的相对空间位置，然后用gs的输入文件方式输出，如果这样的话，其实用gview更加好用

你好，能否详细些？
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5楼2009-07-28 15:26:39
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pdce218

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
jxzxm98(金币+1,VIP+0):2 7-28 18:35
yuhuobuku(金币+3):欢迎参加讨论
基本步骤：
① 在辅助软件界面上构建分子，规整化为“标准构型”或用分子力学法进行初步几何优化
② 存为PDB 格式文件；
③ 打开Gauss的主窗口，用Utilities-NewMat 读入PDB 格式文件并转换为Z-矩阵；
④ 在跳出的作业编辑对话框上补充完成输入文件
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明天会更好……
6楼2009-07-28 17:21:16
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CKX

木虫 (著名写手)
请将文献上传，让大家好好分析
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7楼2009-07-28 19:25:51
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neweroica

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
jxzxm98(金币+1,VIP+0): 7-29 10:43
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
怎么感觉那个文献的作者不是专业做计算的，居然连那样的话都发表出来
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Simpler, stronger, more tolerant
8楼2009-07-28 22:55:10
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jxzxm98

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by neweroica at 2009-7-28 22:55:
怎么感觉那个文献的作者不是专业做计算的，居然连那样的话都发表出来

我看文献的时候也有这样的感觉，但是自己又不懂Gaussian，特来此请教啊。
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9楼2009-07-29 09:23:49
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