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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】相互作用计算中有机物添加问题
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】相互作用计算中有机物添加问题

在分子模拟中，经常要计算有机物或者聚合物与金属的相互作用。如简单分子十二烷基硫酸钠等，如何构建其合理结构？画出个原子后自动加氢，在能量最小化，可以这么直接用于后面的计算不？
望各位指点~

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:26 ]
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1楼 2009-07-27 15:54:19
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-27 21:30
你想算体系的什么性质？？
   打算模拟的体系有多大？？
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2009-07-27 21:11:20
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2009-7-27 21:11:
你想算体系的什么性质？？
   打算模拟的体系有多大？？

最简单的那种吧。一个有机分子（如十二烷基硫酸钠）和金属氧化物的作用，计算他们之间的相互作用能。
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3楼2009-07-28 08:51:30
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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yuhuobuku(金币+3,VIP+0):欢迎参加讨论 7-30 21:15
那我觉得
  　
　 用gaussian算吧！　　
　　１。有　金属原子　在，最好用量化。用分子动力学不好算。
　　２。你的体系也不大。
　
　　构建好体系之后，
　　你先找几个可能的位置放置金属原子。用精度比较低的基组，比较一下能量，找到最低能量出，　然后再用　高精度的基组算最低能量时的构型。

　　
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
4楼2009-07-28 11:20:29
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2009-7-28 11:20:
那我觉得
  　
　 用gaussian算吧！　　
　　１。有　金属原子　在，最好用量化。用分子动力学不好算。
　　２。你的体系也不大。
　
　　构建好体系之后，
　　你先找几个可能的位置放置金属原子。用精度 ...

不是金属原子，是金属氧化物，用discover行不？怎么操作？谢谢
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5楼2009-08-01 08:44:46
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ZDBWHZ

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-9 21:24
用Gaussian可以计算出来，用QM:MM方法可以很快的计算出来，金属氧化物与硫酸基团的作用用QM方法，十二烷基就可以用MM方法，由于涉及金属原子，得用ECP赝势基组。
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6楼2009-08-09 21:14:10
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