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关于ms建立固——气吸附模型的问题
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关于ms建模这里有很多疑惑，在此请教各位大佬。 我用ms建立模型然后转换格式到lammps进行计算。想要实现的是在一个盒子的中间放入 nacl 固体，然后周围分布水分子。 目前正方体颗粒是可以实现的，但是不清楚具体的流程对不对。而在用同样方法建立球形模型的时候会出现问题。 1.建立nacl晶胞。 2.建立一个有 nacl 晶胞的新文件，删除里面的nacl，用 build——Crystals 里的 rebuild 建立一个想要尺寸的盒子。 3.对已建立的 nacl 晶胞用 supercell 扩展，选中所有离子复制粘贴到所建立的盒子里。 4.用 Adsorption Locator 进行水分子的添加，并用其中的 run 进行处理。 5.输出car文件转为data。 但是正方体 nacl 颗粒复制放入空盒子中时，一般会出现在盒子左下角，并且上方和右边边界存在一层nacl离子，这个是为什么？通常我是直接全选然后将其手动移动到盒子中心。 而在建立球形模型的时候，我是用 supercell 扩展以后，用 build——Nanostructure——Nanocluster 进行剪切的，随后也是将所得的 nacl 全选复制到盒子中，但是这个时候会在角落里八分之一个球体。这是什么原因？另外这个用同样的方法附上水分子以后，不能保证球形颗粒处在盒子中央，这个又该如何解决？（因为正方体可以直接挪，但是八个半球的话根本不知道该如何进行位置的变化）同样，如果我是要放入两个球模型也是会出现同样的问题，所以想请教一下我的方法是否是正确的，并且球形模型该如何处理？如何放入盒子中心？ |
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