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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 用cDNA扩增一个基因，总是扩增出带有内含子的片段
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leannele

金虫 (小有名气)

[交流] 用cDNA扩增一个基因，总是扩增出带有内含子的片段

各位虫友，我要扩增一个基因的cDNA序列，扩增出来的片段总是带有内含子的。因为之前做过RACE，知道序列是怎么样的。要扩增基因全长的时候总是扩增出带有内含子的片段。多次提了RNA，并且这些cDNA我也用来扩增其他的基因，十几个基因都没有问题，跑胶也没有看到DNA的条带，单单这一个基因扩增出来的片段不对。
      请问有没有什么好办法，原因是什么？
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1楼 2020-11-18 09:27:48
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
leannele: 金币+10 2020-11-19 22:59:44
可能这个基因的某一个亚型就是带有这个内含子片段。换句话说，在某种细胞中可能这个内含子不被识别出来，存在一个带有它的剪切拼接亚型。如果一定要p出来和数据库一样的序列，要么就换个细胞要么就基因合成，现在基因合成也不算贵。

[ 发自手机版 https://muchong.com/3g ]
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leannele
The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2020-11-18 11:30:49
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jie123400

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
leannele: 金币+10 2020-11-19 23:00:01
有没有可能是引物的问题，直接从基因组扩增了？
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leannele leannele
3楼2020-11-18 16:38:49
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leannele

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2020-11-18 11:30:49
可能这个基因的某一个亚型就是带有这个内含子片段。换句话说，在某种细胞中可能这个内含子不被识别出来，存在一个带有它的剪切拼接亚型。如果一定要p出来和数据库一样的序列，要么就换个细胞要么就基因合成，现在基 ...

有可能，我考虑下基因合成，多谢
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4楼2020-11-19 23:00:25
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leannele

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jie123400 at 2020-11-18 16:38:49
有没有可能是引物的问题，直接从基因组扩增了？

这个引物是根据转录组和RACE的序列出来的。并且我用的cDNA，不应该有基因组DNA的扩增啊
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5楼2020-11-19 23:01:11
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leannele

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jie123400 at 2020-11-18 16:38:49
有没有可能是引物的问题，直接从基因组扩增了？

这个引物是根据转录组和RACE的序列出来的。并且我用的cDNA，不应该有基因组DNA的扩增啊
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6楼2020-11-19 23:01:17
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