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leannele

金虫 (小有名气)

[交流] 用cDNA扩增一个基因,总是扩增出带有内含子的片段

各位虫友,我要扩增一个基因的cDNA序列,扩增出来的片段总是带有内含子的。因为之前做过RACE,知道序列是怎么样的。要扩增基因全长的时候总是扩增出带有内含子的片段。多次提了RNA,并且这些cDNA我也用来扩增其他的基因,十几个基因都没有问题,跑胶也没有看到DNA的条带,单单这一个基因扩增出来的片段不对。
      请问有没有什么好办法,原因是什么?
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲,勿施于人

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leannele: 金币+10 2020-11-19 22:59:44
可能这个基因的某一个亚型就是带有这个内含子片段。换句话说,在某种细胞中可能这个内含子不被识别出来,存在一个带有它的剪切拼接亚型。如果一定要p出来和数据库一样的序列,要么就换个细胞要么就基因合成,现在基因合成也不算贵。

[ 发自手机版 https://muchong.com/3g ]

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The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2020-11-18 11:30:49
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jie123400

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
leannele: 金币+10 2020-11-19 23:00:01
有没有可能是引物的问题,直接从基因组扩增了?

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3楼2020-11-18 16:38:49
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leannele

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2020-11-18 11:30:49
可能这个基因的某一个亚型就是带有这个内含子片段。换句话说,在某种细胞中可能这个内含子不被识别出来,存在一个带有它的剪切拼接亚型。如果一定要p出来和数据库一样的序列,要么就换个细胞要么就基因合成,现在基 ...

有可能,我考虑下基因合成,多谢
4楼2020-11-19 23:00:25
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leannele

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jie123400 at 2020-11-18 16:38:49
有没有可能是引物的问题,直接从基因组扩增了?

这个引物是根据转录组和RACE的序列出来的。并且我用的cDNA,不应该有基因组DNA的扩增啊
5楼2020-11-19 23:01:11
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leannele

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jie123400 at 2020-11-18 16:38:49
有没有可能是引物的问题,直接从基因组扩增了?

这个引物是根据转录组和RACE的序列出来的。并且我用的cDNA,不应该有基因组DNA的扩增啊
6楼2020-11-19 23:01:17
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