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【求助】20金币求助一个配合物分子的minimize。
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分子式如图。我用sketch画得分子图，很乱， 想minimize使其规范。 但是由于力场没有相应参数，无法运行， 见我的相关贴：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1445180 故求助，如果比较麻烦，金币可以添加。 真是很急，多谢！ ps：氢加上了，只不过示意图画上去就不好看了，故省略。 主要故障感觉还是金属离子 [ Last edited by bamamei on 2009-7-22 at 15:38 ] |
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bamamei(金币+19,VIP+0): 7-22 17:19
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DISCOVER Molecular Simulation Program Version: 2008.2 Build: Nov 13 2008 Date: Wed Jul 22 17:12:33 2009 Host Name: **** Host Type: Windows Threads: 1 --------------------------------------------------------------- Checked out license feature: MS_discover --------------------------------------------------------------- randomSeed is set to 253953 Line 7:BTCL> autoEcho off --------------------------------------------------------------- Checked out license feature: MS_compass --------------------------------------------------------------- INPUT FILES ___________ File Type Name --------- ---- Forcefield C:\PROGRA~1\Accelrys\MATERI~1.4\etc\Gateway\..\..\share\Discover\res/compass.frc Molecular data dis.mdf Coordinate dis.car MOLECULAR TOPOLOGY __________________ Number of molecules: 1 Number of residues: 1 Number of atoms: 31 Number of atom types: 10 Number of bonds: 28 Number of consolidated angles: 38 Number of consolidated torsions: 40 Number of bond_bond_1_3s: 40 Number of angle-angles: 36 Number of out-of-planes: 12 FORCEFIELD OPTIONS __________________ Filename : compass.frc Definition name : cff91 Version : 2.8 Last modification date : 3/6/2007 # of automatic parameters : 4 NONBOND ENERGY CUTOFFS ______________________ Cutoff (A) Spline Width (A) Buffer Width (A) vdW 9.50 1.00 0.50 Coulomb 9.50 1.00 0.50 Summation method for vdW : Atom based Summation method for Coulomb : Atom based Dielectric : 1.00 Energy components kcal/mol Total: 1229.603493 Internal: 374.516175 Bond: 207.904001 Angle: 49.327437 Torsion: 0.000000 OutOfPlane: 0.000000 Cross: 117.284736 BondBond: 75.412729 BondAngle: 2.480804 EndBondTorsion: -4.756945 MiddleBondTorsion: 25.939215 AngleTorsion: 21.840300 AngleAngleTorsion: 0.479597 BondBond-1-3: -4.110963 AngleAngle: 0.000000 Nonbond: 855.087318 Vdw: 581.937675 Repulsive: 762.225876 Dispersive: -180.288201 Electrostatic: 273.149643 Hydrogenbond: 0.000000 Total time used by DISCOVER: 0.42 secs Completion date: Wed Jul 22 17:12:33 2009 Exiting Discover: status OK. |
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