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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps跑计算时，开32核反而没有1个核跑得快？
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【悬赏金币】回答本帖问题，作者三岁薇恩将赠送您 20 个金币

三岁薇恩

新虫 (正式写手)

[求助] lammps跑计算时，开32核反而没有1个核跑得快？ 已有2人参与

这是什么原因呢?
工作站是32核的（如图1,4颗8核的CPU）。怎么样才能让资源最大化？求指导。
每个算例跑48小时太伤了...也就是计算三四千个原子的热导率。

mpirun -n 32 lammps < in.A    1核 输入该命令这个算的时候只有1个核在跑

mpirun -n 32 lammps -in in.A  32核   输入该命令32个核都在跑

lammps跑计算时，开32核反而没有1个核跑得快？
1.jpg
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1楼 2020-10-13 09:08:46
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三岁薇恩

新虫 (正式写手)
急急急 是哪个环节出了问题，按道理不应该算这么久哇..
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2楼2020-10-13 09:09:26
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
“三四千个原子”个数太少，不能发挥并行计算的优势，你要是搞三四万个原子，或者三四十万个原子再试试，并行计算肯定比1个核跑得快。
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3楼2020-10-13 09:26:18
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aa小小佑

银虫 (职业作家)
原子数多，核数多才有用的，3000多原子实际上几个核就够处理了。

发自小木虫IOS客户端
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4楼2020-10-13 09:26:20
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三岁薇恩

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2020-10-13 09:26:18
“三四千个原子”个数太少，不能发挥并行计算的优势，你要是搞三四万个原子，或者三四十万个原子再试试，并行计算肯定比1个核跑得快。

谢谢!但我感觉我的运行命令似乎不太对。像"mpirun -n 32 lammps < in.A" 中的“32”，我换成任何数字后台看都是只有1个核在跑，请问怎么修改运行命令？
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5楼2020-10-13 10:36:12
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三岁薇恩

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by aa小小佑 at 2020-10-13 09:26:20
原子数多，核数多才有用的，3000多原子实际上几个核就够处理了。

好的！那我试试4个核或者8个核跑着试试，但其实和别人比较还是挺慢的，总感觉哪一块不对劲。
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6楼2020-10-13 10:37:44
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aa小小佑

银虫 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 三岁薇恩 at 2020-10-13 10:37:44
好的！那我试试4个核或者8个核跑着试试，但其实和别人比较还是挺慢的，总感觉哪一块不对劲。...

可是是mpirun 的问题，换个看看

发自小木虫IOS客户端
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7楼2020-10-13 11:57:36
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
跑的时候htop截个图看看
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8楼2020-10-13 15:12:40
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hnu_wjl

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 三岁薇恩 at 2020-10-13 10:36:12
谢谢!但我感觉我的运行命令似乎不太对。像&quot;mpirun -n 32 lammps &lt; in.A&quot; 中的“32”，我换成任何数字后台看都是只有1个核在跑，请问怎么修改运行命令？...

如果只有一个核在跑应该是你的命令有问题。。。
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9楼2020-10-13 15:16:26
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 三岁薇恩 at 2020-10-13 10:36:12
谢谢!但我感觉我的运行命令似乎不太对。像&quot;mpirun -n 32 lammps &lt; in.A&quot; 中的“32”，我换成任何数字后台看都是只有1个核在跑，请问怎么修改运行命令？...

你用top指令看看就知道几个核在跑了

发自小木虫Android客户端
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10楼2020-10-14 07:49:43
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