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yangjun102银虫 (小有名气)
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[交流]
ifort+openmpi+mkl编译siesta-4.0.2
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网上看到一些科研工作者编译siesta-4.0.2有一些疑问，自己试了一下，有一些经验和大家分享。 1.首先是ifort，mkl，openmpi请看zhangguangping的编译过程https://muchong.com/t-1930406-1 2.siesta编译需要的文件都在Src路径中，但是软件是禁止在Src路径下make的，这是为了避免输出和输入文件的混乱。根据manual，编译的时候，可在与Src同级的任意名称的路径下编译，这样的好处是可以编译不同版本的软件在不同路径下。这时可以使用VPATH关键字编译。（此段描述在manual中有更好的解释） 3. (1) $ cd home/path/to/siesta-4.0/Obj $ sh ../Src/obj_setup.sh 脚本会将编译用到的一些文件复制到Obj文件夹内。 (2) $ ../Src/configure --enable-mpi 在Obj文件夹下生成arch.make文件，对其修改如下 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--unknown FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS=-g -O2 FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= BLAS_LIBS=-L/home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 LAPACK_LIBS=-L/home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_sequential -lmkl_core BLACS_LIBS=-L/home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 SCALAPACK_LIBS=-L//home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 COMP_LIBS= NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/home/YourPath/openmpi-1.4.4/include #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< (3)$ cd MPI 进入MPI文件夹修改makefile。 把 ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make 修改为绝对路径 ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/path/to/siesta-4.0/Obj/arch.make 并添加VPATH关键词，VPATH=/home/path/to/siesta-4.0/Src/MPI 否则make指令搜索不到编译用的源文件 然后 $ make (4) cd..回到Obj路径。查看修改makefile。这里面应该已经有VPATH=/home/path/to/siesta−4.0/Src。目的同上。然后 make即可生成siesta 4.测试可用。 参考链接：https://blog.sciencenet.cn/blog-3126508-1022598.html |
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yangjun102
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