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yangjun102

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[交流] ifort+openmpi+mkl编译siesta-4.0.2

网上看到一些科研工作者编译siesta-4.0.2有一些疑问，自己试了一下，有一些经验和大家分享。
1.首先是ifort，mkl，openmpi请看zhangguangping的编译过程https://muchong.com/t-1930406-1
2.siesta编译需要的文件都在Src路径中，但是软件是禁止在Src路径下make的，这是为了避免输出和输入文件的混乱。根据manual，编译的时候，可在与Src同级的任意名称的路径下编译，这样的好处是可以编译不同版本的软件在不同路径下。这时可以使用VPATH关键字编译。（此段描述在manual中有更好的解释）
3. (1) $ cd home/path/to/siesta-4.0/Obj

   $ sh ../Src/obj_setup.sh

   脚本会将编译用到的一些文件复制到Obj文件夹内。

(2) $ ../Src/configure --enable-mpi    在Obj文件夹下生成arch.make文件，对其修改如下

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--unknown

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS=-g -O2
FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI
LDFLAGS=

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=-L/home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64
LAPACK_LIBS=-L/home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_sequential -lmkl_core
BLACS_LIBS=-L/home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK_LIBS=-L//home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64

COMP_LIBS=

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/home/YourPath/openmpi-1.4.4/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<

(3)$ cd MPI  进入MPI文件夹修改makefile。

把 ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make

修改为绝对路径 ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/path/to/siesta-4.0/Obj/arch.make

并添加VPATH关键词，VPATH=/home/path/to/siesta-4.0/Src/MPI  否则make指令搜索不到编译用的源文件

然后 $ make

(4) cd..回到Obj路径。查看修改makefile。这里面应该已经有VPATH=/home/path/to/siesta−4.0/Src。目的同上。然后 make即可生成siesta

4.测试可用。

参考链接：https://blog.sciencenet.cn/blog-3126508-1022598.html

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