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lammps 利用wall/region与gcmc的气体吸附
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我最近在研究gcmc气体吸附，遇到了些问题，望大家指点。 我利用fix wall/region创建吸附剂的虚拟壁面（仅生成空球，并不在其中插入粒子），仅是壁面与插入的氩存在作用力。但是在跑的过程中出现了两个error（1）error：Particle outside surface of region used in fix wall region. fix wall/region似乎是仅对区域内部的粒子产生作用，我需要将氩插入模拟区域除去吸附剂球区域之外的空白区域，我尝试了两种方法，都得到了上面的error，，第一种组合是将region sphere的部分设置为side in，将十个球形区域union起来，并在region union的部分设置side out。第二种组合将region sphere的部分设置为side out，将十个球形区域intersect起来，并在region union的部分设置side in。 （2）error：Fix gcmc region does not support a bounding box。我在翻阅手册时，看到gcmc仅支持side in的区域。在后面的fix gcmc命令行我的region只有在设置成box的时候才能正常运行，但是这就有可能将粒子插入到吸附剂的位置。 请问大家有好的方法解决么？ 下面是我的in文件： --------------------------------------------------- #variables available on command line variable mu index -2.3019 variable disp index 0.5 variable temp index 338 variable lbox index 1000 #variable spacing index 7.16 #Initial setup dimension 3 boundary p p p units real atom_style atomic #region region box block 0 ${lbox} 0 ${lbox} 0 ${lbox} units box create_box 1 box #bond/types 1 angle/types 1 include region_805_in region wall union 805 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 side out #include region_1610_out #region empty intersect 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 side in fix virtual all wall/region wall lj126 0.5 3.5 10 mass 1 40 # Ar pair_style lj/cut 10 pair_coeff 1 1 0.5 3.405 # MD settings neighbor 2.0 bin neigh_modify every 1 delay 10 check yes timestep 0.5 # atom counts group Ar type 1 variable argon atom "type==1" group argon dynamic Ar var argon variable nAr equal count(argon) compute mdtemp argon temp compute_modify mdtemp dynamic/dof yes fix mdnvt argon nvt temp ${temp} ${temp} 100 fix_modify mynvt dynamic/dof yes #GCMC fix mygcmc Ar gcmc 50 10 10 1 29494 338 -2.3019 0.5 pressure 2 region wall dump 1 all xyz 100 Ar.xyz dump_modify 1 element Ar dump 2 all custom 1000 Ar.txt id type x y z vx vy vz thermo_style custom step temp c_mdtemp press pe ke density atoms v_nAr f_mygcmc[1] f_mygcmc[2] f_mygcmc[3] f_mygcmc[4] f_mygcmc[5] f_mygcmc[6] f_mygcmc[7] f_mygcmc[8] thermo 100 # run run 50000 region_805_in ----------------------------------------------------------------------------------------- region 1 sphere 28.4863 5.734 426.1238 50 side in units box region 2 sphere 626.4573 924.073 834.0556 50 side in units box region 3 sphere 312.044 900.6664 779.2662 50 side in units box region 4 sphere 832.0277 367.2998 802.9256 50 side in units box region 5 sphere 100.646 838.2261 711.4648 50 side in units box region 6 sphere 727.6089 312.7159 60.3109 50 side in units box region 7 sphere 938.8439 107.7248 59.2329 50 side in units box region 8 sphere 82.1218 564.6282 924.574 50 side in units box region 9 sphere 54.4719 904.2225 49.0453 50 side in units box region 10 sphere 631.1203 823.7716 130.8818 50 side in units box region_1610_out --------------------------------------------------------------------------------------------- region 806 sphere 28.4863 5.734 426.1238 50 side out units box region 807 sphere 626.4573 924.073 834.0556 50 side out units box region 808 sphere 312.044 900.6664 779.2662 50 side out units box region 809 sphere 832.0277 367.2998 802.9256 50 side out units box region 810 sphere 100.646 838.2261 711.4648 50 side out units box region 811 sphere 727.6089 312.7159 60.3109 50 side out units box region 812 sphere 938.8439 107.7248 59.2329 50 side out units box region 813 sphere 82.1218 564.6282 924.574 50 side out units box region 814 sphere 54.4719 904.2225 49.0453 50 side out units box region 815 sphere 631.1203 823.7716 130.8818 50 side out units box |
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