24小时热门版块排行榜    

查看: 1634  |  回复: 8
当前主题已经存档。

dummy1

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】磁盘空间不足?

input:
%chk=full.chk
%mem=4500mb
%nproc=8
# MaxDisk=300GB opt mp2/cc-pVTZ direct freq  nosymm SCF=(Maxconventionalcycles=300)

title

1 2
S                  5.28630000    7.44080000    6.92010000     
。。。。。。。。。。。。
C                  8.92810000    6.09180000    7.68820000     
C                  7.19550000    7.31250000    9.02210000     
C                  6.79930000    7.05170000    7.74210000     
H                  9.82580000    5.58490000    7.36600000     

output:
。。。。。。。。。。。。。
Range of M.O.s used for correlation:    81  1120
NBasis=  1120 NAE=   160 NBE=   159 NFC=    80 NFV=     0
NROrb=   1040 NOA=    80 NOB=    79 NVA=   960 NVB=   961

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.19243293D+02


**** Warning!!: The largest beta MO coefficient is  0.18269809D+02

Disk-based method using ON**2 memory for 14 occupieds at a time.
Estimated scratch disk usage= 36728824704 words.
Actual    scratch disk usage= 36220118400 words.
Erroneous write. Write 4096 instead of 12288.
fd = 4
orig len = 12288 left = 12288
g_write


不加 MaxDisk=300GB ,direct 错误也出现。
看了以下sctrach 文件,也达到了几百G, 各位有遇到得吗?
如何解决啊?救救我吧, 实在没辙了!!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dummy1(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-20 14:47
dummy1(金币+1,VIP+0): 7-20 16:00
Estimated scratch disk usage= 36728824704 words.
Actual    scratch disk usage= 36220118400 words.
这两句话一出,原因就很明显了,就是磁盘空间不足了
解决方法1:再挂一个硬盘(双硬盘工作)
解决方法2:换大硬盘
解决方法3:简化体系
解决方法4:降低基组,或者采用混合基组
解决方法5:降低方法,或者采用分层计算
2楼2009-07-20 14:33:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dummy1

木虫 (正式写手)

你说的这些我也想过了。
加硬盘似乎不太可能,因为我现在都已经用到了300G之多。
换基组也想过,只是小的基组构型优化以后和实验值相差太多,
因为体系比较特殊,换DFT又不行。
我的体系本身并不是很大,就40多个原子。
我是想有没有什么办法来限制使用太大的磁盘呢?
谢谢!
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-7-20 14:33:
Estimated scratch disk usage= 36728824704 words.
Actual    scratch disk usage= 36220118400 words.
这两句话一出,原因就很明显了,就是磁盘空间不足了
解决方法1:再挂一个硬盘(双硬盘工作)
解决方法 ...

3楼2009-07-20 16:04:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★ ★ ★ ★
dummy1(金币+1,VIP+0): 7-20 19:39
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-20 19:49
引用回帖:
Originally posted by dummy1 at 2009-7-20 16:04:
我是想有没有什么办法来限制使用太大的磁盘呢?

限制使用太大的磁盘?问这个问题,说明楼主对高斯的运行原理不是太了解。

楼主有没有想过为什么硬盘使用量大呢?那是因为你所采用的方法基组,处理你这个体系,需要很大的临时数据区,这些临时数据无法在内存中全部放下,所以Gaussian决定把这些数据写入硬盘,等到需要的时候再读出来。也就是说,对于你这个任务来说,你的硬盘太小了。如果这些临时数据在内存中存不下,你又不让这些数据写入硬盘,那么请问楼主,你想让Gaussian把这些数据写到哪里去呢》
4楼2009-07-20 17:16:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dummy1

木虫 (正式写手)

问题是我把内存加大仍然是不行的啊

以前用nwchem也出现过类似的问题(把硬盘都写满了).但我加上关键词direct以后数据就不会写在磁盘上.
而且我都没有改动内存的大小.当然是以牺牲计算速度为代价的.
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-7-20 17:16:

限制使用太大的磁盘?问这个问题,说明楼主对高斯的运行原理不是太了解。

楼主有没有想过为什么硬盘使用量大呢?那是因为你所采用的方法基组,处理你这个体系,需要很大的临时数据区,这些临时数据无法在内存 ...

5楼2009-07-20 19:43:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zjqfree

木虫 (著名写手)


dummy1(金币+1):谢谢参与
学习一下
海阔天蓝,美丽自然。
6楼2009-07-20 21:22:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-21 20:14
引用回帖:
Originally posted by dummy1 at 2009-7-20 19:43:
问题是我把内存加大仍然是不行的啊

以前用nwchem也出现过类似的问题(把硬盘都写满了).但我加上关键词direct以后数据就不会写在磁盘上.
而且我都没有改动内存的大小.当然是以牺牲计算速度为代价的.


你把内存加大,又能加大到多少?你就算把内存加大到32个G甚至64个G的又能怎样?毕竟你这个任务需要的临时数据存储空间高达数百个G。等到内存写满了,Gaussian又要去写硬盘。
nwchem没用过,不了解诶,呵呵。也许nwchem的对资源耗费的控制能力比较好?
7楼2009-07-21 09:20:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dummy1(金币+1):谢谢参与
dummy1(金币+1,VIP+0): 7-21 10:54
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-21 20:14
引用回帖:
Originally posted by dummy1 at 2009-7-20 14:24:
input:
%chk=full.chk
%mem=4500mb
%nproc=8
# MaxDisk=300GB opt mp2/cc-pVTZ direct freq  nosymm SCF=(Maxconventionalcycles=300)

title

1 2
S                  5.28630000    7.44080000   ...

你40多个体系用这么大的基组和这么高的方法,硬盘是肯定承受不了的
可能试试对不同的原子定义不同的基组会好些,不用分层。对核心的原子用当前的cc-pVTZ(不要多于5个),对外围的原子,用6-31G*或者cc-pVDZ,可能会好些。原则上这样的话你还是不能算频率,因为频率对硬盘的需求更大,大概要比优化多5-7倍。
如果你内存足够大,你可以使用MP2=fulldirect,然后把内存定义到比如50GB,可能会大大减小硬盘的需求。不过我认为要想对你的体系用这个方法,好像国内还没有几个计算组能有这个条件。
据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
8楼2009-07-21 10:00:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dummy1

木虫 (正式写手)

是啊。我现在也是想按照yjcmwgk 意见,采用混合基组试试看。
或者干脆换作别得基组看看,高精度不但费资源更费时间啊。
引用回帖:
Originally posted by hairan at 2009-7-21 10:00:


你40多个体系用这么大的基组和这么高的方法,硬盘是肯定承受不了的
可能试试对不同的原子定义不同的基组会好些,不用分层。对核心的原子用当前的cc-pVTZ(不要多于5个),对外围的原子,用6-31G*或者cc-pVDZ ...

9楼2009-07-21 10:57:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dummy1 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 271求调剂 +11 生如夏花… 2026-03-11 13/650 2026-03-17 09:02 by 雾散后相遇lc
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +3 大火山小火山 2026-03-16 5/250 2026-03-16 16:54 by barlinike
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 326求调剂 +4 上岸的小葡 2026-03-15 5/250 2026-03-16 08:39 by Linda Hu
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 求调剂,一志愿江南大学环境工程085701 +3 Djdjj12 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:31 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 Dizzy123@ 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:02 by JourneyLucky
[考研] 材料371求调剂 +9 鳄鱼? 2026-03-11 11/550 2026-03-13 22:53 by JourneyLucky
[考研] 0703,333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] (081700)化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 0703化学求调剂 +7 绿豆芹菜汤 2026-03-12 7/350 2026-03-13 17:25 by njzyff
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
[考研] 调剂 +5 呵唔哦豁 2026-03-10 5/250 2026-03-10 22:00 by 28375m
信息提示
请填处理意见