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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】磁盘空间不足？
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dummy1

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】磁盘空间不足？

input：
%chk=full.chk
%mem=4500mb
%nproc=8
# MaxDisk=300GB opt mp2/cc-pVTZ direct freq  nosymm SCF=(Maxconventionalcycles=300)

title

1 2
S                  5.28630000    7.44080000    6.92010000     
。。。。。。。。。。。。
C                  8.92810000    6.09180000    7.68820000     
C                  7.19550000    7.31250000    9.02210000     
C                  6.79930000    7.05170000    7.74210000     
H                  9.82580000    5.58490000    7.36600000     

output：
。。。。。。。。。。。。。
Range of M.O.s used for correlation:    81  1120
NBasis=  1120 NAE=   160 NBE=   159 NFC=    80 NFV=     0
NROrb=   1040 NOA=    80 NOB=    79 NVA=   960 NVB=   961

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.19243293D+02


**** Warning!!: The largest beta MO coefficient is  0.18269809D+02

Disk-based method using ON**2 memory for 14 occupieds at a time.
Estimated scratch disk usage= 36728824704 words.
Actual    scratch disk usage= 36220118400 words.
Erroneous write. Write 4096 instead of 12288.
fd = 4
orig len = 12288 left = 12288
g_write


不加 MaxDisk=300GB ，direct 错误也出现。
看了以下sctrach 文件，也达到了几百G， 各位有遇到得吗？
如何解决啊？救救我吧， 实在没辙了！！
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1楼 2009-07-20 14:24:47
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dummy1(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-20 14:47
dummy1(金币+1,VIP+0): 7-20 16:00
Estimated scratch disk usage= 36728824704 words.
Actual    scratch disk usage= 36220118400 words.
这两句话一出，原因就很明显了，就是磁盘空间不足了
解决方法1：再挂一个硬盘（双硬盘工作）
解决方法2：换大硬盘
解决方法3：简化体系
解决方法4：降低基组，或者采用混合基组
解决方法5：降低方法，或者采用分层计算
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2楼2009-07-20 14:33:29
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dummy1

木虫 (正式写手)
你说的这些我也想过了。
加硬盘似乎不太可能，因为我现在都已经用到了300G之多。
换基组也想过，只是小的基组构型优化以后和实验值相差太多，
因为体系比较特殊，换DFT又不行。
我的体系本身并不是很大，就40多个原子。
我是想有没有什么办法来限制使用太大的磁盘呢?
谢谢！
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-7-20 14:33:
Estimated scratch disk usage= 36728824704 words.
Actual    scratch disk usage= 36220118400 words.
这两句话一出，原因就很明显了，就是磁盘空间不足了
解决方法1：再挂一个硬盘（双硬盘工作）
解决方法 ...

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3楼2009-07-20 16:04:28
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
dummy1(金币+1,VIP+0): 7-20 19:39
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-20 19:49
引用回帖:
Originally posted by dummy1 at 2009-7-20 16:04:
我是想有没有什么办法来限制使用太大的磁盘呢?

限制使用太大的磁盘？问这个问题，说明楼主对高斯的运行原理不是太了解。

楼主有没有想过为什么硬盘使用量大呢？那是因为你所采用的方法基组，处理你这个体系，需要很大的临时数据区，这些临时数据无法在内存中全部放下，所以Gaussian决定把这些数据写入硬盘，等到需要的时候再读出来。也就是说，对于你这个任务来说，你的硬盘太小了。如果这些临时数据在内存中存不下，你又不让这些数据写入硬盘，那么请问楼主，你想让Gaussian把这些数据写到哪里去呢》
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4楼2009-07-20 17:16:12
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dummy1

木虫 (正式写手)
问题是我把内存加大仍然是不行的啊

以前用nwchem也出现过类似的问题(把硬盘都写满了).但我加上关键词direct以后数据就不会写在磁盘上.
而且我都没有改动内存的大小.当然是以牺牲计算速度为代价的.
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-7-20 17:16:

限制使用太大的磁盘？问这个问题，说明楼主对高斯的运行原理不是太了解。

楼主有没有想过为什么硬盘使用量大呢？那是因为你所采用的方法基组，处理你这个体系，需要很大的临时数据区，这些临时数据无法在内存 ...

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5楼2009-07-20 19:43:08
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zjqfree

木虫 (著名写手)
★
dummy1(金币+1):谢谢参与
学习一下
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海阔天蓝，美丽自然。
6楼2009-07-20 21:22:33
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-21 20:14
引用回帖:
Originally posted by dummy1 at 2009-7-20 19:43:
问题是我把内存加大仍然是不行的啊

以前用nwchem也出现过类似的问题(把硬盘都写满了).但我加上关键词direct以后数据就不会写在磁盘上.
而且我都没有改动内存的大小.当然是以牺牲计算速度为代价的.


你把内存加大，又能加大到多少？你就算把内存加大到32个G甚至64个G的又能怎样？毕竟你这个任务需要的临时数据存储空间高达数百个G。等到内存写满了，Gaussian又要去写硬盘。
nwchem没用过，不了解诶，呵呵。也许nwchem的对资源耗费的控制能力比较好？
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7楼2009-07-21 09:20:00
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dummy1(金币+1):谢谢参与
dummy1(金币+1,VIP+0): 7-21 10:54
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 7-21 20:14
引用回帖:
Originally posted by dummy1 at 2009-7-20 14:24:
input：
%chk=full.chk
%mem=4500mb
%nproc=8
# MaxDisk=300GB opt mp2/cc-pVTZ direct freq  nosymm SCF=(Maxconventionalcycles=300)

title

1 2
S                  5.28630000    7.44080000   ...

你40多个体系用这么大的基组和这么高的方法，硬盘是肯定承受不了的
可能试试对不同的原子定义不同的基组会好些，不用分层。对核心的原子用当前的cc-pVTZ（不要多于5个），对外围的原子，用6-31G*或者cc-pVDZ，可能会好些。原则上这样的话你还是不能算频率，因为频率对硬盘的需求更大，大概要比优化多5-7倍。
如果你内存足够大，你可以使用MP2=fulldirect，然后把内存定义到比如50GB，可能会大大减小硬盘的需求。不过我认为要想对你的体系用这个方法，好像国内还没有几个计算组能有这个条件。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
8楼2009-07-21 10:00:45
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dummy1

木虫 (正式写手)
是啊。我现在也是想按照yjcmwgk 意见，采用混合基组试试看。
或者干脆换作别得基组看看，高精度不但费资源更费时间啊。
引用回帖:
Originally posted by hairan at 2009-7-21 10:00:


你40多个体系用这么大的基组和这么高的方法，硬盘是肯定承受不了的
可能试试对不同的原子定义不同的基组会好些，不用分层。对核心的原子用当前的cc-pVTZ（不要多于5个），对外围的原子，用6-31G*或者cc-pVDZ ...

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9楼2009-07-21 10:57:33
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