| 查看: 2317 | 回复: 3 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 cnzs 的 7 个金币 ,回帖就立即获得 1 个金币,每人有 1 次机会 | |||
[交流]
VASP数据使用ovito官网脚本分析voronio
|
|||
|
1.能不能用ovito处理AIMD的XDATCAR文件? 2.如果可以为什么我用官网提供的Python脚本只能得出第一个离子步的数据? 3.有没有大佬可以帮忙改进一下Python脚本? # Import OVITO modules. from ovito.io import * from ovito.modifiers import * from ovito.pipeline import * # Import NumPy module. import numpy # Load a simulation snapshot of a Cu-Zr metallic glass. pipeline = import_file("D:/ovito/400/XDATCAR",multiple_frames = True) # Set atomic radii (required for polydisperse Voronoi tessellation). atom_types = pipeline.source.data.particles['Particle Type'].types atom_types[0].radius = 1.28 # atomic radius (atom type 1 in input file) atom_types[1].radius = 1.55 # atomic radius (atom type 2 in input file) # Set up the Voronoi analysis modifier. voro = VoronoiAnalysisModifier( compute_indices = True, use_radii = True, edge_threshold = 0.1 ) pipeline.modifiers.append(voro) # Let OVITO compute the results. data = pipeline.compute() # Access computed Voronoi indices. # This is an (N) x (M) array, where M is the maximum face order. voro_indices = data.particles['Voronoi Index'] # This helper function takes a two-dimensional array and computes a frequency # histogram of the data rows using some NumPy magic. # It returns two arrays (of equal length): # 1. The list of unique data rows from the input array # 2. The number of occurences of each unique row # Both arrays are sorted in descending order such that the most frequent rows # are listed first. def row_histogram(a): ca = numpy.ascontiguousarray(a).view([('', a.dtype)] * a.shape[1]) unique, indices, inverse = numpy.unique(ca, return_index=True, return_inverse=True) counts = numpy.bincount(inverse) sort_indices = numpy.argsort(counts)[::-1] return (a[indices[sort_indices]], counts[sort_indices]) # Compute frequency histogram. unique_indices, counts = row_histogram(voro_indices) # Print the ten most frequent histogram entries. for i in range(10): print("%s\t%i\t(%.1f %%)" % (tuple(unique_indices), counts, 100.0*float(counts)/len(voro_indices))) result: (0, 0, 0, 2, 8, 4, 0, 0) 11 (5.5 %) (0, 0, 0, 3, 6, 4, 0, 0) 7 (3.5 %) (0, 0, 0, 0, 12, 0, 0, 0) 6 (3.0 %) (0, 0, 0, 1, 10, 3, 0, 0) 5 (2.5 %) (0, 0, 0, 2, 8, 1, 0, 0) 5 (2.5 %) (0, 0, 0, 4, 6, 4, 0, 0) 5 (2.5 %) (0, 0, 0, 2, 8, 5, 0, 0) 5 (2.5 %) (0, 0, 0, 1, 10, 2, 0, 0) 5 (2.5 %) (0, 0, 0, 2, 8, 0, 0, 0) 4 (2.0 %) (0, 0, 0, 4, 4, 6, 0, 0) 3 (1.5 %) |
» 猜你喜欢
【复旦大学】二维材料方向招收2026年博士研究生1名
已经有0人回复
北京纳米能源与系统研究所 王中林院士/曹南颖研究员课题组2026级硕/博/博后招生
已经有10人回复
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有192人回复
荷兰Utrecht University超快太赫兹光谱王海教授课题招收2026 CSC博士生
已经有23人回复
反铁磁体中的磁性切换:两种不同的机制已成功可视化
已经有0人回复
求标准粉末衍射卡号 ICDD 01-076-1802
已经有0人回复
新西兰Robinson研究所招收全奖PhD
已经有0人回复
石墨烯转移--二氧化硅衬底石墨烯
已经有0人回复
» 抢金币啦!回帖就可以得到:
散金祈福
+1/625
祝福---好运连连---连连---
+4/264
湖南师范大学蒋乐勇教授课题组招收2026届“申请-考核”制博士生
+1/177
复旦大学化学系杰青/优青团队诚聘博士后
+3/156
【高温摩擦磨损试验机】接样/预存款服务
+1/84
【CSC招生】荷兰莱顿大学医学中心LKEB图像处理实验室 招收2026年CSC博士生多名
+1/79
坐标武汉,代亲友发帖征结婚对象(男征女)
+1/70
国家青年人才叶立群教授课题组招收2026级博士研究生
+1/31
博士后招聘
+1/28
求租南京-栖霞区-尧化门附件有虫友有房子要往外出租吗?来个一室的就行。
+1/18
杭州师范大学心理系赛李阳课题组招收2026年学术学位博士研究生
+1/9
招收2026级博士
+1/8
【长期有效 】北理工柔性电子国家杰青团队招博士后及科研助理
+1/6
伦敦大学学院Benjamin Moss博士招收人工智能、原位光谱、催化相关26年博士生
+1/6
中国地质大学(武汉)戴志高课题组诚招2026级硕博研究生
+1/5
SCI计算机相关论文
+1/5
江西理工大学稀土磁性功能材料与物理示范研究生导师创新团队
+1/5
求一种水性聚氨酯固化剂
+1/2
南京大学FinTech大模型实验室招募斯坦福国际联培博士生(2026)
+1/2
同济大学电信学院,肖李课题组招收2026年统考硕士生1-2名。
+1/1
4楼2022-06-22 14:07:45
简单回复
2020-09-16 14:37
回复
cnzs(金币+1): 谢谢参与
1 发自小木虫IOS客户端
psylhh3楼
2020-09-17 17:32
回复
cnzs(金币+1): 谢谢参与













回复此楼