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使用MolAICal计算配体和受体结合能力的vinardo打分函数
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使用MolAICal计算配体和受体结合能力的vinardo打分函数 更多教程（含英文教程）请见如下： MolAICal官方主页：https://molaical.github.io MolAICal 文章介绍：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 简介 打分函数可以用来评估药物分子和受体靶点的结合能力，vinardo是基于Autodock Vina的打分函数重新训练的一种打分方式。关于打分函数vinardo的介绍，可以阅读这两篇文献(https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 和 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155183)。在本教程中，选择Mpro受体及其配体作为研究示例，先使用MolAICal计算出Mpro蛋白的网格文件，再根据Mpro的网格文件计算评估配体结合能力的打分函数vinardo，这个例子可以推广到其它蛋白质受体。 2. 工具和材料 2.1. 所需软件 MolAICal: https://molaical.github.io 2.2. 教程示例文件 所有需要的教程文件从以下下载 https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/008-vinardoScore 3. 步骤 在计算配体的vinardo打分之前，需要生成配体的网络文件 #> cd 008-vinardoScore 1) 创建一个名为“boxPar.dat”的文件，第一行是受体方盒子中心的坐标，第二行是受体方盒子的长度。如下所示： ---------------------------------------- -10.733 12.416 68.829 30.0 30.0 30.0 ---------------------------------------- 2) 执行如下命令生成蛋白质的网络文件 其中“mproNolig.pdb”是不含配体的Mpro蛋白。这个命令将会生成名为 “vinardoScore.dat”的文件。 3) 计算单个配体的vinardo分数 这个命令将输出配体结合能力的打分值：-6.21 kcal/mol 如果要批量计算多个配体的vinardo打分值，可以执行以下步骤： #> cd 008-vinardoScore/ligands 1. 在Linux终端中输入命令“ls > ligandList.dat”，或在Windows DOS控制台中输入命令“dir /b > ligandList.dat”。打开生成的文件“ligandList.dat”并且删除无用的字符。例如，删除包含字符“ligandList.dat”的第一行内容。确保文件“ligandList.dat“只包含配体名称。 2. 执行如下命令： 将会生成名为“output.dat”的文件，其中包含批量配体的打分函数值。 |
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