24小时热门版块排行榜

返回列表

MolAICal

新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 51.1
帖子: 32
在线: 15.6小时
虫号: 22584834
注册: 2020-06-03
专业: 药物设计与药物信息

[交流] 使用MolAICal计算配体和受体结合能力的vinardo打分函数

使用MolAICal计算配体和受体结合能力的vinardo打分函数

更多教程（含英文教程）请见如下：
MolAICal官方主页：https://molaical.github.io
MolAICal 文章介绍：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161
MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html
MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com

1. 简介
打分函数可以用来评估药物分子和受体靶点的结合能力，vinardo是基于Autodock Vina的打分函数重新训练的一种打分方式。关于打分函数vinardo的介绍，可以阅读这两篇文献(https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 和 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155183)。在本教程中，选择Mpro受体及其配体作为研究示例，先使用MolAICal计算出Mpro蛋白的网格文件，再根据Mpro的网格文件计算评估配体结合能力的打分函数vinardo，这个例子可以推广到其它蛋白质受体。

2. 工具和材料
2.1. 所需软件
MolAICal: https://molaical.github.io
2.2. 教程示例文件
所有需要的教程文件从以下下载
https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/008-vinardoScore

3. 步骤
在计算配体的vinardo打分之前，需要生成配体的网络文件
#> cd 008-vinardoScore
1) 创建一个名为“boxPar.dat”的文件，第一行是受体方盒子中心的坐标，第二行是受体方盒子的长度。如下所示：
----------------------------------------
-10.733 12.416 68.829
30.0 30.0 30.0
----------------------------------------

2) 执行如下命令生成蛋白质的网络文件

CODE:

#> molaical.exe -tool grid -i boxPar.dat -p mproNolig.pdb -n vinardoScore 

其中“mproNolig.pdb”是不含配体的Mpro蛋白。这个命令将会生成名为 “vinardoScore.dat”的文件。

3) 计算单个配体的vinardo分数

CODE:

#> molaical.exe -tool vinardo -i ligands/lig_1.mol2 -g vinardoScore.dat -t vinardoscore 

这个命令将输出配体结合能力的打分值：-6.21 kcal/mol

如果要批量计算多个配体的vinardo打分值，可以执行以下步骤：
#> cd 008-vinardoScore/ligands

1. 在Linux终端中输入命令“ls > ligandList.dat”，或在Windows DOS控制台中输入命令“dir /b > ligandList.dat”。打开生成的文件“ligandList.dat”并且删除无用的字符。例如，删除包含字符“ligandList.dat”的第一行内容。确保文件“ligandList.dat“只包含配体名称。

2. 执行如下命令：

CODE:

#> molaical.exe -score vinardo -i ligands/ligandList.dat -o output.dat -g vinardoScore.dat 

将会生成名为“output.dat”的文件，其中包含批量配体的打分函数值。

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

1楼 2020-08-20 15:34:39

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 MolAICal 的主题更新

返回列表