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使用PyInstaller打包深度学习模型“AIGenMols”的例子
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使用PyInstaller打包MolAICal软件深度学习模型“AIGenMols”的例子 更多教程（含英文教程）请见如下： MolAICal官方主页：https://molaical.github.io MolAICal 文章介绍：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 介绍 药物的深度学习模型在使用的时候是以代码的形式调用，如果能将其打包成二进制可执行文件，将有利于深度学习模型的部署使用和推广，在本教程中，选择了ORGAN (https://github.com/gablg1/ORGAN) 来打包二进制可执行程序“AIGenMols”。 此外，您可以根据本教程打包自己训练的深度学习模型。 2. 材料 2.1. 所需软件 1) MolAICal: https://molaical.github.io 2) Anaconda: https://www.anaconda.com/open-source Anaconda的版本选择应基于Python 3.x而不是Python 2.x 2.2. 示例文件 1) 所有必需的教程文件均可从以下网址下载: https://github.com/MolAICal/specialtopic/tree/master/012-AIGenMols 3. 步骤 3.1. 安装 Anconda (https://www.anaconda.com/distribution). 确保完全安装并且正确设置了环境变量。 3.2. 下载 “spec-list.txt”并创建一个独立的环境 注意：如果发生某些错误，例如：CondaHTTPError: HTTP 404 NOT FOUND for url <https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/xxxx-xxxx> , 您可以在“ spec-list.txt”中删除相应的软件包。 然后重复上述步骤。 可以通过以下类似步骤安装缺少的软件包，而无需安装版本号： 3.3. 安装必需的库 3.4. 最后，生成二进制“深度学习模型” 解压缩“ organ.zip” 打开文件夹 “organ/dist” #> cd dist 您将看到名为“ main”的文件，将其重命名为“ AIGenMols” 此时完全生成了名为“AIGenMols”的二进制深度学习模型。将其直接复制或移动到MolAICal软件文件夹中即可。 安装过程分析： 以上虚线部分是打包关键的部分，您可以使用自己训练好的深度学习模型替换以上数据 注意： 1). 安装Anaconda时，Anaconda的安装路径应确保没有空格。例如： /home/test install/anaconda。字符“test”和“install”之间的空格可能会导致“AIGenMols”打包过程失败。 2). “AIGenMols”的命令用法应如下所示，才能保证打包的模型可以直接被MolAICal调用: 这只是打包“AIGenMols”的一个示例。您可以对自己训练的模型使用类似的打包方法。 |
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