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根据常数Kd, Ki, pKd或者pKi使用MolAICal计算结合自由能的操作教程
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根据常数Kd, Ki, pKd或者pKi使用MolAICal计算结合自由能的操作教程 更多教程（含英文教程）请见如下： MolAICal官方主页：https://molaical.github.io MolAICal 文章介绍：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 简介 有时我们需要根据PDBBind数据库提供的常数Ki, Kd, pKd及pKi 计算体系的结合自由能[1-3] (例如：训练Vinardo打分函数时，需要结合自由能)。在计算结合自由能前，我们先引入表格1中所示的国际通用单位制 (SI) 。许多实验室及文献中使用的 mol/dm3与mol/L表示同一数量级 (也可命名为“M”)。例如： mol/m3 = 10−3 mol/dm3 = 10−3 mol/L = 10−3 M = 1 mmol/L = 1 mM. 表 1. 摩尔浓度单位表  "millimolar" 和 "micromolar" 分别表示 mM (10−3 mol/L) 和 μM (10−6 mol/L)。摩尔浓度相关的详细信息请参考网站： https://en.wikipedia.org/wiki/Molar_concentration 本教程提供了一种在常数Ki, Kd, pKd 或pKi已知的条件下，用MolAICal计算结合自由能的简便方法。 2. 工具 2.1. 所需软件下载地址 1) MolAICal: https://molaical.github.io 2.2. 操作示例文件 所有用到的操作教程文件均可在下面的网站下载： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/010-pkdEnergy 3. 操作流程 转至“010-pkdEnergy”文件目录下： #> cd tutorial\010-pkdEnergy 打开文件“INDEX_refined_data.2018” , 此文件内容来自 PDBBind 数据库, 第四栏表示 pKd或者 pKi，第五栏表示Ki 或Kd。 1) 用pkd (pkd = -logKd 或 pki = -logKi) 计算结合自由能, 使用默认温度: 298.15 K 2) 用pkd (pkd = -logKd or pki = -logKi)计算结合自由能，使用指定温度。 3) 用含浓度单位的Kd或Ki计算结合自由能，默认单位为M (mol/L) 4）用Kd或Ki计算结合自由能，浓度单位设为pm 更多关于结合自由能计算的描述，请参考MolAICal说明书。 参考文献 1. Wang R, Fang X, Lu Y et al. The PDBbind database: collection of binding affinities for protein-ligand complexes with known three-dimensional structures, Journal of Medicinal Chemistry 2004;47:2977-2980. 2. Kim R, Skolnick J. Assessment of programs for ligand binding affinity prediction, J Comput Chem 2008;29:1316-1331. 3. Karney CF, Ferrara JE, Brunner S. Method for computing protein binding affinity, J Comput Chem 2005;26:243-251. |
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