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常熟的月亮新虫 (初入文坛)
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[交流]
关于单机安装LAMMPS和VASP的问题，可以进来看看喔，避免入坑。
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 LAMMPS的安装：田文德的安装步骤 较为新，https://blog.sciencenet.cn/blog-798373-1013010.html 其中要注意几个点1.此版本为单机并行版本非串行 2. 在安装环境依赖前务必利用which 查看是否已经存在依赖 如which g++,which mpic++等。3. 在田文得的步骤2中需要安装mpi-default-* 事实上你在运行apt-get install mpi-default-*时会出现xxxx依赖冲突xxxxxxx,其实lammps所需要的的不需要那么多mpi-default前缀的依赖包，只需要mpi-default-dev和mpi-default-bin 你只需要安装这两个就行。4. 对于libjpeg-* 由于Ubuntu14版本后不再支持，请在/etc/apt/resource.list中最后一行添加libjpeg-12.0的包源deb https://cz.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial main 然后保存关闭 sudo apt update, sudo apt upgarde, sudo apt install libjpeg12-0即可安装。5. 对于你不需要用到的包在make.ubuntu中进行适当删除 如jpeg跟png部分。6. 最后进行测试 cd到安装包的example的位置，例如colloid文件中 运行 mpirun -np 你想用的线程数 lmp_ubuntu < in.colloid 进行测试 ，成功说明可以。 Vasp的安装：本人建议使用vasp5.4.4版本，Intel的函数工具版本为parallel_studio_xe_2019_update5_custer_deition.taz版本以上，此工具需要去Intel官方网站自行注册下载。教程https://www.bilibili.com/read/cv3794759 其中需要注意的：1. 基本上按照那个教程都能安装成功vasp并行。2 对于成功安装后的测试 推荐官方的HG原子测试包 benchmark.Hg.tar.gz百度即可，到处可以下载，打开 找到IN-long文件 改名为INCAR 在该文件目录下打开终端 输入 mpirun -np 线程数 vasp（vasp取决于你自己修改的名字，有的人是vasp.stb） 运算成功即可。 重点来了，重点来了，重点来了 如果你在同一个单机Ubuntu中安装了lammps与vasp，不管先后顺序，你在运行时就会大几率出现。mpirun 运行程序时能计算 但是只有一个程序可以多线程计算（怎么看 自己学习结果文件的内容），其实这是由于mpi的版本造成的，你的Ubuntu事实上存在了两个以上的mpirun程序。细心地人可以看出在安装lammps时我们使用的是openmpi所支持的mpirun程序，在安装vasp时我们使用的是Intelmpi支持的mpirun，而你的软件是用哪个mpi编译的就必须使用对应的mpirun程序进行命令提交。打开命令终端输入 locate mpirun 你会发现你有至少两个mpirun 目录中存在intel字眼的是 vasp使用的mpirun，一般/usr/bin下面的mpirun为lammps的。所以有以下几个解决方法：1. 环境变量随时重置法：在你运行不同的程序前 到 /home/你的用户名/.bashrc中添加各自的mpirun的环境变量 如lammps的即为 export PATH=/usr/bin:$PATH vasp的加载方法类似 只不过需要将lammps的删除在添加。。。在添加完环境变量后记得source .bashrc。。。2。 第二种解决方法 无论安装vasp还是lammps都只使用openmpi进行编译，但是步骤有点繁琐说实话，这个方法也就是网上有些教程中为什么不使用intel的mpi的原因，就是害怕多mpi带来的各种问题，当然知道第二种方法的也就不会是小白了 。。。 （此处不需要关注）给本文添加搜索引擎问题分类：1 by 1 by 1 MPI processor grid 1×1×1 MPI处理器网格 单线程运算，lammps并行计算失败，vasp并行计算失败，无法使用多线程。 |
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