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铁虫 (小有名气)

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[交流] ceRNA联合免疫细胞浸润(GDCRNATools) 已有1人参与

ceRNA联合免疫细胞浸润(GDCRNATools)
                                                                                       --生信自学网
      今天我们要讲解ceRNA网络的新思路，将ceRNA与免疫细胞浸润联合起来,并且构建免疫细胞的预后模型。在前面的课程里面，我们也有关于ceRNA网络的课程，一般的套路是先做lncRNA、miRNA、mRNA的差异分析，然后通过数据库找出lncRNA-miRNA-mRNA之间的关联，之后构建lncRNA和mRNA竞争结合miRNA的调控网络。今天我们要介绍的是GDCRNATools R包，这个包将这些复杂的工作进行了简化，通过几句简单R命令，就可以完成ceRNA构建的所有步骤。
      通过GDCRNATools包，我们可以完成ceRNA网络构建的一整套流程。首先我们可以通过GDCRNATools直接进行数据下载，并且数据是官网最新的数据。下载好了数据之后，GDCRNATools包分别对lncRNA、miRNA、mRNA进行差异分析。然后通过GDCRNATools内置的数据库，找到lncRNA-miRNA-mRNA之间的关联。最后，我们可以通过GDCRNATools包，直接得到cytoscape需要的输入文件。
   ceRNA联合免疫细胞浸润，软件准备，转录组数据下载，转录组数据整理，转录组id转换，临床数据下载，临床数据提取，miRNA数据下载，miRNA数据合并，miRNA数据id转换，GDCRNATools，GDCRNATools2，ceRNA输入文件准备，ceRNA可视化，网络节点表达和生存数据合并，ceRNA节点生存分析，基因模型构建，基因模型生存曲线和ROC曲线，基因列线图和校准曲线，免疫细胞浸润，免疫细胞柱状图，免疫细胞热图，免疫细胞差异分析，免疫细胞临床相关性分析，免疫细胞和生存数据合并，免疫细胞生存分析（KM），免疫细胞模型构建，免疫细胞模型生存曲线和ROC曲线，免疫细胞列线图和校准曲线，免疫细胞风险热图，免疫细胞相关性分析，共表达分析。

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