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能量最小化和驰豫问题
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小弟在做烃类在石英表面的吸附，初始模型构建如图所示，其中石英基底在模拟中固定，下面是我的in文件，我想先能量最小化，然后在npt系综下驰豫得到一个常温常压下合理的状态，但是烃类分子老往盒子上边的真空区域跑，是什么原因导致的呢？？各位大侠帮忙看看我in文件中关于能量最小化和驰豫部分的参数和命令是否合理 # 3d text simulation # Initialization dimension 3 boundary p p p units real atom_style full neighbor 2.0 bin neigh_modify every 1 delay 5 check yes pair_style lj/cut/coul/long 10.0 pair_modify mix arithmetic kspace_style pppm 1.0e-4 bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style opls read_data data.text region 1 block INF INF INF INF 0 16.7 group jidi region 1 region 2 block INF INF INF INF 16.7 40 group move region 2 fix 1 jidi setforce 0.0 0.0 0.0 min_style sd minimize 1.0e-8 1.0e-8 10000 10000 velocity move create 298.0 4928459 dist gaussian velocity jidi set 0 0 0 fix 2 jidi nve fix 3 move npt temp 298.0 298.0 100.0 iso 1.0 1.0 100.0 timestep 1 thermo 10 thermo_style one dump 1 all atom 2000 dump.text run 1000000  微信截图_20200808161948.png |
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