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yyy0305

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 转录因子结合位点实验验证设计思路

从现有的文献资料数据库得到的转录因子的核苷酸结合位点的motif,怎么设计一段核苷酸序列放在Minimal promoter前面验证其启动结合活性?

我现在掌握的一些资料只允许我进行模仿,但没有独立思考的能力,分享出来和大家讨论下

我从Promega的官网上找到了NF-KB转录因子信号通路的设计,设计包括由一段转录因子结合位点和一个Minimal promoter的连续核苷酸序列,后面接一个luciferase的基因,如下:
GGGAATTTCC GGGGACTTTCC GGGAATTTCC GGGGACTTTCC GGGAATTTCC
两个不同NF-KB motif的重复组合

AGATCTGGCCTCGGCGGCCAAGCTTAGACACTA
不知道这段的作用是什么?

GAGGGTATATAATGGAAGCTCGACTTCCAG
Minimal promotor

请问一下在设计类似的转录因子结合位点时,一般设计的原则是什么?如转录因子结合位点的motif如何进行重复和穿插设计,在结合位点和Minimal Promtor的核苷酸之间是否需要添加一段的核苷酸序列,这段序列的作用是什么?@biostar2009@wizardfan
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2楼2020-07-28 13:34:54
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匿名

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3楼2021-05-04 20:51:50
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