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yyy0305

至尊木虫 (著名写手)

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专业: 生物技术药物

[求助] 转录因子结合位点实验验证设计思路

从现有的文献资料数据库得到的转录因子的核苷酸结合位点的motif，怎么设计一段核苷酸序列放在Minimal promoter前面验证其启动结合活性？

我现在掌握的一些资料只允许我进行模仿，但没有独立思考的能力，分享出来和大家讨论下

我从Promega的官网上找到了NF-KB转录因子信号通路的设计，设计包括由一段转录因子结合位点和一个Minimal promoter的连续核苷酸序列，后面接一个luciferase的基因，如下：
GGGAATTTCC GGGGACTTTCC GGGAATTTCC GGGGACTTTCC GGGAATTTCC
两个不同NF-KB motif的重复组合

AGATCTGGCCTCGGCGGCCAAGCTTAGACACTA
不知道这段的作用是什么？

GAGGGTATATAATGGAAGCTCGACTTCCAG
Minimal promotor

请问一下在设计类似的转录因子结合位点时，一般设计的原则是什么？如转录因子结合位点的motif如何进行重复和穿插设计，在结合位点和Minimal Promtor的核苷酸之间是否需要添加一段的核苷酸序列，这段序列的作用是什么？@biostar2009@wizardfan

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