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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】帮忙用Gaussion算最低能量态，谢谢
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sgchen

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】帮忙用Gaussion算最低能量态，谢谢

两个分子，是对映体，名字是Chemdraw自动命名的
((2S,5S)-2,5-diisopropylpiperazine-1,4-diyl)bis(pyridin-4-ylmethanone)
((2R,5R)-2,5-diisopropylpiperazine-1,4-diyl)bis(pyridin-4-ylmethanone)

小弟初次接触Gaussion，不太会用，每次算，总是出现2070的错误

这是input文件

%chk=6R.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# opt rb3lyp/6-31++g(d,p) geom=connectivity

Guest 6R

0 1
N
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
N                  2              B3    1              A2    3              D1
C                  1              B4    3              A3    2              D2
C                  1              B5    5              A4    3              D3
H                  3              B6    2              A5    1              D4
H                  5              B7    1              A6    6              D5
H                  6              B8    1              A7    5              D6
H                  2              B9    1              A8    6              D7
H                  3             B10    2              A9    1              D8
H                  6             B11    1             A10    5              D9
C                  1             B12    6             A11    2             D10
C                  4             B13    2             A12    1             D11
O                 13             B14    1             A13    6             D12
O                 14             B15    4             A14    2             D13
C                  2             B16    1             A15   13             D14
H                 17             B17    2             A16    1             D15
C                  5             B18    1             A17   13             D16
H                 19             B19    5             A18    1             D17
C                 17             B20    2             A19    1             D18
H                 21             B21   17             A20    2             D19
H                 21             B22   17             A21    2             D20
H                 21             B23   17             A22    2             D21
C                 17             B24    2             A23    1             D22
H                 25             B25   17             A24    2             D23
H                 25             B26   17             A25    2             D24
H                 25             B27   17             A26    2             D25
C                 19             B28    5             A27    1             D26
H                 29             B29   19             A28    5             D27
H                 29             B30   19             A29    5             D28
H                 29             B31   19             A30    5             D29
C                 19             B32    5             A31    1             D30
H                 33             B33   19             A32    5             D31
H                 33             B34   19             A33    5             D32
H                 33             B35   19             A34    5             D33
C                 13             B36    1             A35    6             D34
N                 37             B37   13             A36    1             D35
C                 37             B38   13             A37    1             D36
C                 37             B39   13             A38    1             D37
C                 38             B40   37             A39   13             D38
C                 38             B41   37             A40   13             D39
H                 39             B42   37             A41   13             D40
H                 40             B43   37             A42   13             D41
H                 41             B44   38             A43   37             D42
H                 42             B45   38             A44   37             D43
C                 14             B46    4             A45    2             D44
N                 47             B47   14             A46    4             D45
C                 47             B48   14             A47    4             D46
C                 47             B49   14             A48    4             D47
C                 48             B50   47             A49   14             D48
C                 48             B51   47             A50   14             D49
H                 49             B52   47             A51   14             D50
H                 50             B53   47             A52   14             D51
H                 51             B54   48             A53   47             D52
H                 52             B55   48             A54   47             D53
H                 37             B56   13             A55    1             D54
H                 38             B57   37             A56   13             D55
H                 39             B58   37             A57   13             D56
H                 40             B59   37             A58   13             D57
H                 41             B60   38             A59   37             D58
H                 42             B61   38             A60   37             D59
H                 47             B62   14             A61    4             D60
H                 48             B63   47             A62   14             D61
H                 49             B64   47             A63   14             D62
H                 50             B65   47             A64   14             D63
H                 51             B66   48             A65   47             D64
H                 52             B67   48             A66   47             D65

   B1             2.72483577
   B2             2.43180365
   B3             1.50819230
   B4             1.50345668
   B5             1.49859601
   B6             1.09770579
   B7             1.10158295
   B8             1.10051761
   B9             1.10014635
   B10            1.09481688
   B11            1.09373854
   B12            1.44770094
   B13            1.47060158
   B14            1.30159940
   B15            1.31081463
   B16            1.57179324
   B17            1.09443410
   B18            1.56578606
   B19            1.09611769
   B20            1.54152457
   B21            1.09614096
   B22            1.09548437
   B23            1.09181225
   B24            1.53689752
   B25            1.09676023
   B26            1.08812178
   B27            1.09442268
   B28            1.53442791
   B29            1.09450537
   B30            1.09596989
   B31            1.09463282
   B32            1.53778965
   B33            1.09247380
   B34            1.09546383
   B35            1.09551130
   B36            1.60931228
   B37            3.17783464
   B38            1.56964964
   B39            1.58170067
   B40            1.42803957
   B41            1.42925190
   B42            1.07000000
   B43            1.07000000
   B44            1.07000000
   B45            1.07000000
   B46            1.60451301
   B47            3.18804533
   B48            1.58299495
   B49            1.58764133
   B50            1.42836060
   B51            1.42869941
   B52            1.07000000
   B53            1.07000000
   B54            1.07000000
   B55            1.07000000
   B56            1.07000000
   B57            1.00000000
   B58            1.07000000
   B59            1.07000000
   B60            1.07000000
   B61            1.07000000
   B62            1.07000000
   B63            1.00000000
   B64            1.07000000
   B65            1.07000000
   B66            1.07000000
   B67            1.07000000
   A1            60.46804768
   A2            91.65227426
   A3            33.37519299
   A4           107.32360937
   A5            94.22274001
   A6           104.29812994
   A7           104.55761773
   A8           130.59960534
   A9           142.20447164
   A10          109.77726741
   A11          119.31158561
   A12          121.52752391
   A13          118.62310795
   A14          120.52388677
   A15          106.68573774
   A16          109.68933764
   A17          113.19114772
   A18          109.43693912
   A19          112.24037688
   A20          111.03343922
   A21          110.99735738
   A22          112.49206238
   A23          113.38668443
   A24          111.36512948
   A25          111.96743201
   A26          111.39391186
   A27          113.54044651
   A28          111.25000780
   A29          110.89647781
   A30          111.34293392
   A31          111.10259723
   A32          112.38150968
   A33          110.98389396
   A34          110.65125180
   A35          137.99786983
   A36          145.22129690
   A37          121.18946099
   A38          117.80715024
   A39           58.19548654
   A40           57.98908383
   A41          107.59753235
   A42          107.63011567
   A43          106.64033603
   A44          106.55578359
   A45          141.61980122
   A46          130.14584935
   A47          117.44917633
   A48          116.84878328
   A49           57.62873968
   A50           57.60203563
   A51          107.77861335
   A52          107.79023362
   A53          106.64895761
   A54          106.58809473
   A55           91.64103372
   A56          138.57945405
   A57          107.59753235
   A58          107.63011567
   A59          106.64033603
   A60          106.55578359
   A61           97.03549103
   A62          135.23755717
   A63          107.77861335
   A64          107.79023362
   A65          106.64895761
   A66          106.58809473
   D1           -19.72251808
   D2          -152.15427030
   D3           -42.89381681
   D4            95.24710689
   D5            70.22880194
   D6           -74.24490625
   D7            22.57252226
   D8          -138.06211460
   D9           175.82238365
   D10          -98.48584928
   D11          164.45992469
   D12           65.22707560
   D13         -108.97912403
   D14           -7.97548100
   D15          -44.65472781
   D16          -35.02478429
   D17           57.29950546
   D18           75.24467563
   D19          174.65806399
   D20           54.66684631
   D21          -66.93938406
   D22         -164.80146467
   D23         -164.95433900
   D24           77.59404735
   D25          -44.84907412
   D26          176.05257215
   D27          -67.94220043
   D28          173.64249407
   D29           53.45605276
   D30          -62.26383316
   D31           56.71611939
   D32          -63.89977391
   D33          176.44588471
   D34         -116.90103204
   D35          174.90609569
   D36          100.66095441
   D37         -115.84466305
   D38           74.19300922
   D39          -81.64523177
   D40            3.07168684
   D41           -3.62863382
   D42         -106.80537592
   D43          107.71115038
   D44           82.43915727
   D45          167.16425655
   D46          100.26679845
   D47         -126.63220253
   D48           79.23627299
   D49          -80.86631613
   D50          -15.57391331
   D51           15.85345096
   D52         -104.61118299
   D53          105.25543600
   D54           -4.69255051
   D55           -3.85948812
   D56         -112.89053691
   D57          112.39523270
   D58          138.92482287
   D59         -138.15802024
   D60          -12.82780522
   D61           -0.83017571
   D62         -131.88224788
   D63          132.18429237
   D64          141.10475291
   D65         -140.56082101

1 5 1.0 6 1.0 13 1.0
2 4 1.0 6 1.0 10 1.0 17 1.0
3 4 1.0 5 1.0 7 1.0 11 1.0
4 14 1.0
5 8 1.0 19 1.0
6 9 1.0 12 1.0
7
8
9
10
11
12
13 15 1.5 37 1.0
14 16 1.5 47 1.0
15
16
17 18 1.0 21 1.0 25 1.0
18
19 20 1.0 29 1.0 33 1.0
20
21 22 1.0 23 1.0 24 1.0
22
23
24
25 26 1.0 27 1.0 28 1.0
26
27
28
29 30 1.0 31 1.0 32 1.0
30
31
32
33 34 1.0 35 1.0 36 1.0
34
35
36
37 39 1.0 40 1.0 57 1.0
38 41 1.0 42 1.0 58 1.0
39 42 1.0 43 1.0 59 1.0
40 41 1.0 44 1.0 60 1.0
41 45 1.0 61 1.0
42 46 1.0 62 1.0
43
44
45
46
47 49 1.0 50 1.0 63 1.0
48 51 1.0 52 1.0 64 1.0
49 52 1.0 53 1.0 65 1.0
50 51 1.0 54 1.0 66 1.0
51 55 1.0 67 1.0
52 56 1.0 68 1.0
53
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1楼 2009-07-15 21:37:08
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sgchen

木虫 (小有名气)
这个是output文件
Entering Link 1 = c:\program files\chemistry\G03W\l1.exe PID=      3960.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.
  
This is the Gaussian(R) 03 program.  It is based on the
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under DFARS:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, duplication or disclosure by the US Government is subject
to restrictions as set forth in subparagraph (c)(1)(ii) of the
Rights in Technical Data and Computer Software clause at DFARS
252.227-7013.
  
Gaussian, Inc.
Carnegie Office Park, Building 6, Pittsburgh, PA 15106 USA
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is subject
to restrictions as set forth in subparagraph (c) of the
Commercial Computer Software - Restricted Rights clause at FAR
52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
Carnegie Office Park, Building 6, Pittsburgh, PA 15106 USA
  
  
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 03, Revision B.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven,
K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota,
R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao,
H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross,
C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev,
A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala,
K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg,
V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain,
O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari,
J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford,
J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz,
I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham,
C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill,
B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople,
Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 2003.

*********************************************
Gaussian 03:  x86-Win32-G03RevB.01 3-Mar-2003
                  15-Jul-2009
*********************************************
%chk=6R.chk
%mem=6MW
%nproc=1
Will use up to    1 processors via shared memory.
fname=gxx.scr fd = -1

open-new-file
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2楼2009-07-15 21:38:51
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airytang

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
sgchen(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-16 12:23
你的output文件就这些？
应该在最后有Error termination的原因吧

还有，你计算多久之后出错的？

[ Last edited by airytang on 2009-7-16 at 11:01 ]
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虫虫
3楼2009-07-16 10:56:47
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王中学

木虫 (正式写手)

海边拾贝的顽童
★ ★
sgchen(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-16 12:23
主要是把输出文件的后部分给出，那上面有出错信息
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君当如兰，幽谷长风，宁静志远
4楼2009-07-16 11:24:10
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★
sgchen(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1,VIP+0):呵呵 7-16 14:03
如果我是斑竹，谁再问“2070错误”，直接封号。
幸亏我不是斑竹
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5楼2009-07-16 13:42:49
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sgchen

木虫 (小有名气)
刚启动就不行了，直接中断，没有运算，这是全部的output
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6楼2009-07-16 14:33:24
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-16 19:39
没有Error Termination，一般是系统问题。
比较好的解决方法是：换成Linux服务器。
最好的解决方法是：你找个专门做计算的人，在他的导师同意的情况下，用他的计算资源，让他给你算，你只管提出你的计算要求。之后，给这个人挂第二作者，给他导师挂第二通讯作者，岂不快哉？
赞一下(10人) 回复此楼
7楼2009-07-16 15:44:06
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airytang

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★
sgchen(金币+3,VIP+0):谢谢，我修改了输入文件，正在算，好慢 7-17 09:24
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-17 09:31
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-7-16 15:44:
没有Error Termination，一般是系统问题。
比较好的解决方法是：换成Linux服务器。
最好的解决方法是：你找个专门做计算的人，在他的导师同意的情况下，用他的计算资源，让他给你算，你只管提出你的计算要求。之 ...

为啥这段话我似乎见过？一字不差的。。。。
倒是这个方法看来可以解决绝大部分问题：让专业的人专业的电脑干专业的事情，很有效的。
------------------------------------------------------------
首先，楼主选择的基组级别很高，计算量很大，其次你用的内存6MW（=48MB）太小，计算起来更费劲。

我把内存改成500MB以后，放在自己电脑上试了试，用的Gauss98，结果表明：程序不会死，只是太慢了，一个下午加一个晚上，502是过去了，但是703还在继续，一个循环都没有完成。

还是用楼上说的方法解决吧。
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虫虫
8楼2009-07-17 08:39:03
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sgchen

木虫 (小有名气)
现在用的input
就是太慢，一个晚上过去了，还在502

%chk=6R.chk
# opt rlsda/6-31+g geom=connectivity test

Guest 6R

0 1
N
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
N                  2              B3    1              A2    3              D1
C                  1              B4    3              A3    2              D2
C                  1              B5    5              A4    3              D3
H                  3              B6    2              A5    1              D4
H                  5              B7    1              A6    6              D5
H                  6              B8    1              A7    5              D6
H                  2              B9    1              A8    6              D7
H                  3             B10    2              A9    1              D8
H                  6             B11    1             A10    5              D9
C                  1             B12    6             A11    2             D10
C                  4             B13    2             A12    1             D11
O                 13             B14    1             A13    6             D12
O                 14             B15    4             A14    2             D13
C                  2             B16    1             A15   13             D14
H                 17             B17    2             A16    1             D15
C                  5             B18    1             A17   13             D16
H                 19             B19    5             A18    1             D17
C                 13             B20    1             A19    6             D18
N                 21             B21   13             A20    1             D19
C                 21             B22   13             A21    1             D20
C                 21             B23   13             A22    1             D21
C                 22             B24   21             A23   13             D22
C                 22             B25   21             A24   13             D23
H                 23             B26   21             A25   13             D24
H                 24             B27   21             A26   13             D25
H                 25             B28   22             A27   21             D26
H                 26             B29   22             A28   21             D27
C                 14             B30    4             A29    2             D28
N                 31             B31   14             A30    4             D29
C                 31             B32   14             A31    4             D30
C                 31             B33   14             A32    4             D31
C                 32             B34   31             A33   14             D32
C                 32             B35   31             A34   14             D33
H                 33             B36   31             A35   14             D34
H                 34             B37   31             A36   14             D35
H                 35             B38   32             A37   31             D36
H                 36             B39   32             A38   31             D37
H                 21             B40   13             A39    1             D38
H                 22             B41   21             A40   13             D39
H                 23             B42   21             A41   13             D40
H                 24             B43   21             A42   13             D41
H                 25             B44   22             A43   21             D42
H                 26             B45   22             A44   21             D43
H                 31             B46   14             A45    4             D44
H                 32             B47   31             A46   14             D45
H                 33             B48   31             A47   14             D46
H                 34             B49   31             A48   14             D47
H                 35             B50   32             A49   31             D48
H                 36             B51   32             A50   31             D49

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   B14            1.30159940
   B15            1.31081463
   B16            1.57179324
   B17            1.09443410
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   A21          121.18946099
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   A28          106.55578359
   A29          141.61980122
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   A31          117.44917633
   A32          116.84878328
   A33           57.62873968
   A34           57.60203563
   A35          107.77861335
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   A37          106.64895761
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   A40          138.57945405
   A41          107.59753235
   A42          107.63011567
   A43          106.64033603
   A44          106.55578359
   A45           97.03549103
   A46          135.23755717
   A47          107.77861335
   A48          107.79023362
   A49          106.64895761
   A50          106.58809473
   D1           -19.72251808
   D2          -152.15427030
   D3           -42.89381681
   D4            95.24710689
   D5            70.22880194
   D6           -74.24490625
   D7            22.57252226
   D8          -138.06211460
   D9           175.82238365
   D10          -98.48584928
   D11          164.45992469
   D12           65.22707560
   D13         -108.97912403
   D14           -7.97548100
   D15          -44.65472781
   D16          -35.02478429
   D17           57.29950546
   D18         -116.90103204
   D19          174.90609569
   D20          100.66095441
   D21         -115.84466305
   D22           74.19300922
   D23          -81.64523177
   D24            3.07168684
   D25           -3.62863382
   D26         -106.80537592
   D27          107.71115038
   D28           82.43915727
   D29          167.16425655
   D30          100.26679845
   D31         -126.63220253
   D32           79.23627299
   D33          -80.86631613
   D34          -15.57391331
   D35           15.85345096
   D36         -104.61118299
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   D40         -112.89053691
   D41          112.39523270
   D42          138.92482287
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   D44          -12.82780522
   D45           -0.83017571
   D46         -131.88224788
   D47          132.18429237
   D48          141.10475291
   D49         -140.56082101

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2 4 1.0 6 1.0 10 1.0 17 1.0
3 4 1.0 5 1.0 7 1.0 11 1.0
4 14 1.0
5 8 1.0 19 1.0
6 9 1.0 12 1.0
7
8
9
10
11
12
13 15 1.5 21 1.0
14 16 1.5 31 1.0
15
16
17 18 1.0
18
19 20 1.0
20
21 23 1.0 24 1.0 41 1.0
22 25 1.0 26 1.0 42 1.0
23 26 1.0 27 1.0 43 1.0
24 25 1.0 28 1.0 44 1.0
25 29 1.0 45 1.0
26 30 1.0 46 1.0
27
28
29
30
31 33 1.0 34 1.0 47 1.0
32 35 1.0 36 1.0 48 1.0
33 36 1.0 37 1.0 49 1.0
34 35 1.0 38 1.0 50 1.0
35 39 1.0 51 1.0
36 40 1.0 52 1.0
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52

1 5 1.0 6 1.0 13 1.0
2 4 1.0 6 1.0 10 1.0 17 1.0
3 4 1.0 5 1.0 7 1.0 11 1.0
4 14 1.0
5 8 1.0 19 1.0
6 9 1.0 12 1.0
7
8
9
10
11
12
13 15 1.5 37 1.0
14 16 1.5 47 1.0
15
16
17 18 1.0 21 1.0 25 1.0
18
19 20 1.0 29 1.0 33 1.0
20
21 22 1.0 23 1.0 24 1.0
22
23
24
25 26 1.0 27 1.0 28 1.0
26
27
28
29 30 1.0 31 1.0 32 1.0
30
31
32
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34
35
36
37 39 1.0 40 1.0 57 1.0
38 41 1.0 42 1.0 58 1.0
39 42 1.0 43 1.0 59 1.0
40 41 1.0 44 1.0 60 1.0
41 45 1.0 61 1.0
42 46 1.0 62 1.0
43
44
45
46
47 49 1.0 50 1.0 63 1.0
48 51 1.0 52 1.0 64 1.0
49 52 1.0 53 1.0 65 1.0
50 51 1.0 54 1.0 66 1.0
51 55 1.0 67 1.0
52 56 1.0 68 1.0
53
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58
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60
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9楼2009-07-17 09:29:58
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):欢迎交流！ 7-18 18:58
引用回帖:
Originally posted by airytang at 2009-7-17 08:39:


为啥这段话我似乎见过？一字不差的。。。。
倒是这个方法看来可以解决绝大部分问题：让专业的人专业的电脑干专业的事情，很有效的。
------------------------------------------------------------
首先 ...

因为这是我分别给两个人做了两个相同的回答，呵呵
非计算专业的人，往往不能理解理论化学的东西，往往以为只需要点点鼠标就能出结果。
请非计算专业的人注意一下，Gaussian不是Word这么简单的
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10楼2009-07-18 15:20:13
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