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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

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[交流] 【转帖】我电脑上的软件---可供分子生物学相关研究人员参考

作者：sadc

日常上网：

1. Maxthon 2

最好用一个浏览器。
Firefox和Chrome对很多网站支持不好。
用Maxthon请一定记得用好以下三个重要特性，否则跟IE和其它浏览器就差别不大了：
1、撤销按钮：调出误关的网页，不用查历史，很方便；
2、自动填表：
(1) 现在很多搜索到的东西都是需要注册后下载和查看，所以把网上通用的身份信息填到这个里面，注测十分方便。无需每次填写用户名、密码和mail之类的；
(2) 对于经常登录的网站用这个自动填表可以快速填入用户名和密码。特别是如果同一个网站两个注册用户；
3、鼠标动作：类似后退、前进、撤销、关闭这个常用的动作，用鼠标右键+移动方向设置，大大提高浏览速率；

2. Foxmail 6.5正式版

邮件的本地管理，相当方便，养成每天收邮件的好习惯，可以帮助你把握住更多的机会；

3. 迅雷

下载电影，相当快，可以下电驴，也可以下BT，基本上可以不用装其它的下载软件了，如果用迅雷喊疼工具去掉广告，用起来就更方便了；

4. 网文快捕(CyberArticle)，网页存档利器；

5. 现在病毒很多，杀毒还是卡巴斯基吧，没有办法，前几天瑞星又出问题了，删邮件，唉，好几个朋友中招了，不过2009的有毛病，有时候会删正打开的Office文件！具体避免的方法可以网上找；

6. 纳米人，交换大文件，用纳米盘，谁用谁知道。

文献管理：

1. EndNote X3

文献管理软件，平时方便论文管理，写文章的时候插入文献也是相当的方便。Endnote X3的新特性：
1. 启动更加快速，这次应该有了较大改进；
2. 更新了Style等，4362个Connection，3776个Style，728个Search file；
3. 增强了数据库文件压缩方案，可以只压缩不带附件的文献信息，更加方便；以前只能对整个库压缩，如果带有N多全文，很慢，要所后文件很大；
4. 改进了分组功能，这个功能大家呼吁很高，以前只能分一级，现在可以分成两级了；
5. X3引入Group set的概念，相当于文件夹，可以建500个Group set，然后可以在每个Group set里建立Custom group或Smart group；可以通过拖拽的方式在不同Group set间移动Group；
6. 增加了重复文献同一视窗对比功能；
7. 改进了全文获取功能，可以根据本单位文献订阅来源设定下载全文渠道；
8. 改进了参考文献编排方式，可以在文章的一部分后面编排参考文献，也可以在全文的最后编排参考文献，这解决了学位论文以及书籍编辑参考文献的问题；
9. 支持更多样化的混合Style编排；10. 现在的Endnote不仅支持word，也可以在Apple Pages 09，以及OpenOffice3中使用；

2. 现在不再推荐安装RefViz和Quosa了，用了这么长时间，感觉对提高效率帮助有限；

3. 英文写作辅助软件也不再作推荐，大家还是打好基本功，或者请英文编辑公司吧；

英语辞典：

1. 强烈推荐灵格斯翻译家！

不过需要自己下载词库。受够了《新编全医药学大辞典》那个漂来漂去极不稳定的取词框了，而且很多时候都会造成系统不稳定，正版也是（版主不要因为他在这里投了广告就删我的贴）。词库全面超过任何已知软件。当然，如果和CNKI的词典再结合一下，个人感觉这个辞典软件就堪称完美了。

网络聊天：

1. QQ 2009，不说了；
2. Windows Live Messenger，也不说了，有些公司非不让用QQ，没有办法才装，实在是比QQ差，不过比QQ小这倒是真的；
3. MSN Shell，非常好用的一个MSN插件，有很多功能，大家可以试试看。

分子生物学和相关的专业软件：

1. Vector NTI Advance 11，分子生物学的综合软件，什么功能几乎都全了；

2. Primer premier 5，引物设计软件，大家都用，我也用；

3. Oligo 6.71，引物设计软件，大家都用，我还用，设计Fusion PCR和In-Fusion连接的引物的时候，比Primer premier直观一些；

4. BioEdit 7，杂七杂八的功能凑在一起的一个分子生物学软件，有些罕见的Vector NTI所没有的功能；

5. SimVector 4.2或WinPlas，画质粒的一个软件，效果还行，与VectorNTI画出来的风格不一样，有的杂志喜欢；

6. ICM Pro 3.50(有更新版的，可惜没有P-J），蛋白质三维结构查看和编辑软件，才装，发现功能太强大了，建议不要装PyMol 0.99了，比PyMol的效果好很多，而且可以做分子拼接和简单的模拟，跟PyMol不是一个级别的，而且也不算太大，Accelrys出的那个，太大了，我想可能更好，但实在是太慢了~；

7. RNADraw 1.1，RNA和DNA二级结构的分析软件，可以分析做PCR的时候的引物的二聚体，更直观一些；

8. Qantity ONE 4.64，跑胶和杂交以及菌落的分析软件；

9. PathwayStudio 5.0，有6.0，可惜没有P-J，蛋白质相互作用、细胞信号转导和代谢分析的软件。

办公软件：

1. Microsoft Office 2003，不说了。

2007目前很多地方还不是很普及，虽然功能很强大，但个人觉得主要有两个问题：(1) 启动和反应速度慢；(2) 兼容性差。PowerPoint 2007的很多效果转换为2003后无法编辑和播放，Word 2007生成的文档

2. Adobe Acrobat Professional 9，不说了；

3. Adult PDF Password Recovery 2.3，看名字就知道干什么的了，相当强大，加密的PDF往往不能取词不能打印；

4. AllwaySync U盘/移动硬盘备份资料软件，可以分析U盘和硬盘里面删除、更新的文件及文件夹，对于常使用U盘和移动硬盘的dxyer是最好的备份软件。

图片处理：

1. Adobe Photoshop CS4 Extended，修改图片，近期升级，有很大改进；

2. Adobe Illustrator CS4，画各种各样的复杂的示意图，较难上手。不再推荐Fireworks了，建议只学Photoshop+Illustrator，已经足已完成所有的图片的需求了！CorelDraw有些战友如果已经习惯了，也没必要再换了，但是Adobe的Photoshop比起Corel家的Corel Photo-Paint要强大到不知道哪里去了。正是如此，Photoshop+Illustrator的组合比起Corel Draw+Photo-Paint的组合显的强大的多（这两者之间的无缝整合，用熟了就知道，真是太方便、太强大了）；

3. Image-Pro Plus 6.0，对图象进行加工处理并得到数据的软件，专业，相当的专业，很多杂志不认可PS的修改，比如AEM和JBC之类的杂志，非常明确的说PS只能整幅整幅的修改，否则就视为什么什么；

4. ChemSketch 11，画分子结构式的；

5. ACDSee 3.1，反应最快的看图软件了，后面8.0，9.0虽然多了很多功能，可是打开速度太慢了，都快赶上Photoshop了；

6. SnagIt 8.5，抓图软件，同类软件里面最好用的一个了，连续截屏和延迟截屏是最大特色了；

7. Maya 8.5/3DsMAX 9，三维的软件，有些过程实在是没有办法用平面软件来说明了，只好搬出这两个骇人的玩意儿来了，很多逼真的好莱坞大片都是这个做的，你就可以想象还有什么做不出来了。也是二选一，这两个都是超难上手。高档杂志的封面很多都是用这两个软件做出来，效果非常之华丽，上手非常之困难，学起来非常之花时间。二维的软件通常一本书就会了，但是学这些三维的，通常一本书估计才只能介绍一下建模的基础知识。如果本科的时候没有基础，就算了。但是可以找学设计的同学实现你的创意和想法；

8. 专门的流程图软件，如Microsoft Visio 2003、SmartDraw和ConceptDraw，不再推荐，因为在实践过程中发现只要把Illustrator用好，就不需要再用这些软件了，大家时间有限，没必要学那么多可以完成同样工作的软件，而且都是大块头，装多了电脑速度也受影响。

视频音频：

1. 千千静听5.0，听歌的；
2. 暴风影音III，看电影的；
3. Adobe Audition 2.0，音频软件，专业的了，主要用来录自己的声音，改进英语发音；

数学软件：

1. OriginPro 8.0 SR5，画各种各样的曲线图，兼做简单的数据处理，最近才升级。不再推荐SigmaPlot了，并不是因为它不好，而是因为***工作进度很慢！个人觉得只要学会一个就足够了，我更习惯OriginPro的作图方式。

2. SPSS 17，大型的分析软件；

3. SAS 6-9.1，还大型一些的分析软件，不同的版本功能上差不多；

4. MatLab 2008b，呵呵，这样说吧，数学里面的，几乎什么都可以，上手比较慢，实用的教程比较少，网上的资源（确实有用的）比较少；

5. SAS和Matlab在使用过程中有严重的版权问题，据传有公司会进行追杀，小心，尽量少在文章中提及。如果有提及，请留心一下谁有正版，一旦有追杀行动，可以安全脱身。另外，不推荐大家使用DPS、DesignExpert一类的小型数学软件。

其它：

1. UltraEdit 13，取代记事本的一个强大软件，很多时候会用到，比如把CNKI的数据导到EndNote，有些软件的16进制下的P-J。此外，特别适合处理极大的文本文件，如整个基因组的数据(貌似大家经常会用到)等；

2. UltroISO 7.5，做ISO和打开ISO的软件，通常用它来做ISO或是修改，WinRAR可以打开ISO，但是没有办法改动。而且比Nero更强大的地方是可以直接把CD的镜像直接刻在DVD上；

3. Deamon Tools 4.0，打开虚拟光驱文件的软件；

4. S-Recorder，不在身边的同学多了，有时候问些软件怎么用，可以直接用这个屏幕录像了E-mail过去，相当方便；

5. 分子量计算器6.4，一个小软件，输结构式就有分子量，省的现用现查了；

6. Nero 6.6，刻光盘；

7. Windows优化大师7.8，系统提速，垃圾清理。

PS：

有人跟我说为什么不列全一点~我贴这个主要是根据自己的使用习惯淘汰下来的。大家如果常看的话也会发现我也经常换软件的，上一次还说某个好的不得了，可是偶然发现一个更好的，我就不再吹捧了，呵呵。如果要更全的软件列表，生物软件网（www.bio-soft.net）上有，非常全。一些常见的但不是很推荐的软件，根据大家的意见，也额外加了一些评论，仅仅是个人观点。如果有不同的意见，欢迎交流。虽然很多软件学起来有点花时间，可是对于促进科研和以后的职业发展都是很有帮助的。也希望抛砖引玉，看看大家都在用什么好软件，现在这些列出来的软件有什么毛病。都可以提出来，大家共同学习，共同进步。

感谢wugui战友补充部分软件资料！
另外他的这句话我非常同意：网络信息时代，利用30min学一个软件，可以省我们30min的N次方的时间...

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