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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求助，关于Hexagonal Close Packing(HCP)结构建模
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leighcl

木虫 (著名写手)

[求助] 求助，关于Hexagonal Close Packing(HCP)结构建模

想建立一个HCP结构的模型，但是代码不太会写。哪位虫友，可以共享一小段构建HCP结构的代码吗？不胜感激！
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1楼 2020-07-03 14:58:10
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
你到aflow.org上随便查一下Mg，或Ti的结构，可以得到他们不同的好程序的原子结构文件。

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leighcl
2楼2020-07-04 07:30:50
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
https://aflowlib.duke.edu/AFLOWD ... /CONTCAR.relax.vasp

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7楼2020-07-05 07:57:30
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普通回帖

leighcl

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2020-07-04 07:30:50
你到aflow.org上随便查一下Mg，或Ti的结构，可以得到他们不同的好程序的原子结构文件。

没找到程序代码呀.不过还是谢谢！给你+5
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3楼2020-07-05 04:04:37
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leighcl

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2020-07-04 07:30:50
你到aflow.org上随便查一下Mg，或Ti的结构，可以得到他们不同的好程序的原子结构文件。

你不是应助帖，加不了分啊，送你朵花吧
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4楼2020-07-05 04:07:21
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
https://aflow.org/material/?id=aflow:c2269e70f738835c

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5楼2020-07-05 07:53:38
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
https://aflowlib.duke.edu/AFLOWD ... /CONTCAR.relax.vasp

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6楼2020-07-05 07:56:40
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
https://aflow.org/material/?id=aflow:8c181d5de86d473e

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8楼2020-07-05 07:58:27
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leighcl

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by valenhou001 at 2020-07-05 07:58:27
https://aflow.org/material/?id=aflow:8c181d5de86d473e

首先，谢谢老师！
但是怎样才能把图中的Ti原子坐标保存到数据文件中呢？以便自己可以用画图软件画图
求助，关于Hexagonal Close Packing(HCP)结构建模
Ti.png
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9楼2020-07-05 20:42:06
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by leighcl at 2020-07-05 21:42:06
首先，谢谢老师！
但是怎样才能把图中的Ti原子坐标保存到数据文件中呢？以便自己可以用画图软件画图

Ti.png
...

Permanent URL: https://aflow.org/material/?id=aflow:9d248acd35bd5303
1. Relaxed positions (aflowlib/VASP) :

Mg1   [HEX,HEX,hP2] (STD_PRIM doi:10.101
1.000000
   1.58821320357612  -2.75104988162136   0.00000000000000
   1.58821320357612   2.75104988162136  -0.00000000000000
   0.00000000000000   0.00000000000000   5.22208491786607
2
Direct(2) [A2]
   0.33331557918382   0.66668442081618   0.25000000000000  Mg   
   0.66668442081618   0.33331557918382   0.75000000000000  Mg   

2. Relaxed positions (aflowlib/QE) :
! AFLOW::QE BEGIN
! Mg1   [HEX,HEX,hP2] (STD_PRIM doi:10.101
&system                     ! // aflow
ibrav=0,                   ! // free
nat=2,                     ! // a.atoms.size()
ntyp=1                     ! // a.num_each_type.size()
/
ATOMIC_POSITIONS (crystal)
  Mg      0.33331557918382   0.66668442081618   0.25000000000000  ! // Mg
  Mg      0.66668442081618   0.33331557918382   0.75000000000000  ! // Mg
CELL_PARAMETERS (angstrom)
   1.58821320357612  -2.75104988162136   0.00000000000000
   1.58821320357612   2.75104988162136  -0.00000000000000
   0.00000000000000   0.00000000000000   5.22208491786607
# AFLOW::QE END

3. Relaxed positions (aflowlib/ABINIT) :
# AFLOW::ABINIT BEGIN
# Mg1   [HEX,HEX,hP2] (STD_PRIM doi:10.101
acell   1.00000000000000   1.00000000000000   1.00000000000000  ANGSTR
rprim   1.58821320357612   1.58821320357612   0.00000000000000
       -2.75104988162136   2.75104988162136   0.00000000000000
        0.00000000000000  -0.00000000000000   5.22208491786607
natom 2
typat 1 1
xred
        0.33331557918382   0.66668442081618   0.25000000000000  # Mg
        0.66668442081618   0.33331557918382   0.75000000000000  # Mg
# AFLOW::ABINIT END
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leighcl
10楼2020-07-06 15:01:07
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