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一只科研猪

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程

求助，用PGAP怎么进行基因组注释？可以不下载软件，只在它的网页上输入结果进行比对吗？

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1楼 2020-06-24 09:38:54
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
这是ncbi基因组提交系统内部的一个基因组注释工具，你可以把基因组提交ncbi，选择pgap注释你的基因组，设定公布基因组的时间即可

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https://www.microbialgenomic.cn/
2楼2020-06-24 13:43:00
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一只科研猪

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by nanhu1984 at 2020-06-24 13:43:00
这是ncbi基因组提交系统内部的一个基因组注释工具，你可以把基因组提交ncbi，选择pgap注释你的基因组，设定公布基因组的时间即可

我想再问一下您知道如果从ncbi上下载一个基因组自己模拟一下怎么用pgap注释要怎么操作？因为后期我自己也会做基因组，所以想拿已有的数据先练练手

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3楼2020-06-24 20:49:54
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
这个是没有办法模拟的，因为你的基因组提交ncbi时，系统会自动和数据库中的基因组进行比对分析，如果发现是一模一样，ncbi会提出质疑，需要你进行解释

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https://www.microbialgenomic.cn/
4楼2020-06-24 23:36:18
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一只科研猪

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by nanhu1984 at 2020-06-24 23:36:18
这个是没有办法模拟的，因为你的基因组提交ncbi时，系统会自动和数据库中的基因组进行比对分析，如果发现是一模一样，ncbi会提出质疑，需要你进行解释

我看了b站上一个pgap的教程，他说可以在基因组提交到ncbi之前先用pgap进行注释。所以我想着是不是能下载一个已知的基因组试着用pgap注释一下。还是说在locally用pgap进行分析仅限于还未提交到ncbi的数据，不能下载已经体检过的数据分析？
求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程


求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程-1


求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程-2


求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程-3


求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程-4


求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程-5


求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程-6


求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程-7


求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程-8



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5楼2020-06-25 12:52:22
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