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铁虫 (初入文坛)

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专业: 生物大分子结构与功能

[求助] 酶与底物的模拟对接求助

请问在已知底物结合位点的情况下，如何使用模拟对接软件实现复合构象的模拟。
我用的是autodock，从文献中查到我用的酶需要借助金属离子吸附底物的焦磷酸基团，文献也报道了酶用来结合金属离子的位点，但是在对接过程中总是不能对接到正确位置。
我是在uniprot上找的使用同种底物的酶，然后删除酶的序列之后保留自带金属离子的底物，然后用这种底物和建模的酶做对接，所有对接结果中的金属离子均未结合在文献报道的位点，我也不知道这么操作是否可行，实验室没有相关的实验背景，完全在摸索阶段，想请教各位大佬该如何做这种需要金属离子的底物对接，或者有没有软件能够实现选定一个位点的对接方式。

感谢感谢。