应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 求大神帮忙看一下 怎么解决这样高斯计算问题
111/2返回列表12下一页
查看: 2668  |  回复: 10
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者lirunhao将赠送您 10 个金币

lirunhao

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求大神帮忙看一下 怎么解决这样高斯计算问题已有2人参与

简单说我是想计算 2个有机分子的堆积结构优化  主要是想得到2个分子间的HOMO LUMO   分子结构模型我是用Hg软件打开单晶文件然后根据弱相互作用力 点出的第二个分子   

我用的是混合基组  
# opt b3lyp/gen pseudo=read  

title

0 1
Au                 4.42900000    0.54800000    7.17180000
C                  5.60410000   -0.70960000    8.24600000
C                  5.79210000   -0.55160000    9.59080000
C                  6.70200000   -1.30070000   10.32030000
C                  7.41090000   -2.28340000    9.68540000
C                  7.20380000   -2.48930000    8.34850000
C                  6.33390000   -1.72640000    7.65450000
C                  3.34470000    1.85120000    6.14010000
C                  1.96080000    3.62460000    5.05570000
C                  1.22410000    4.39390000    5.94690000
H                  1.27000000    4.25630000    6.86580000
C                  0.40240000    5.39050000    5.39480000
H                 -0.11190000    5.92510000    5.95870000
C                  0.35460000    5.58040000    4.03820000
C                  1.09840000    4.81860000    3.18640000
H                  1.06100000    4.97330000    2.26760000
C                  1.91820000    3.80390000    3.68720000
H                  2.41970000    3.26610000    3.11940000
C                 -1.23550000    7.35800000    4.27480000
H                 -0.70460000    7.90650000    4.87030000
H                 -1.82370000    6.79680000    4.80330000
C                 -2.03550000    8.22340000    3.32050000
H                 -2.44810000    7.65470000    2.65400000
H                 -2.74860000    8.65870000    3.81740000
C                 -0.97000000   10.31680000    3.49400000
H                 -0.53570000   10.02130000    4.31030000
H                 -1.78350000   10.78630000    3.73060000
C                 -0.06340000   11.21310000    2.72900000
H                  0.29250000   11.89710000    3.31650000
H                  0.68180000   10.70090000    2.37800000
C                  0.12330000   12.43480000    0.73350000
H                  0.70450000   11.76470000    0.34310000
H                  0.67810000   13.08890000    1.18700000
C                 -0.66700000   13.08890000   -0.31550000
H                 -1.33120000   12.46580000   -0.64670000
H                 -0.08420000   13.32580000   -1.05290000
Cl                -1.49870000   14.57310000    0.27760000
F                  5.07030000    0.35640000   10.25920000
F                  6.86960000   -1.11390000   11.61300000
F                  8.27780000   -3.00360000   10.39130000
F                  7.91670000   -3.44210000    7.72550000
F                  6.21790000   -1.93340000    6.33650000
N                  2.75500000    2.60560000    5.59990000
O                 -0.38360000    6.55030000    3.43090000
O                 -1.26630000    9.21030000    2.67140000
O                 -0.76250000   11.82240000    1.66420000
Au                -0.22380000    0.54800000    7.17180000
C                  0.95130000   -0.70960000    8.24600000
C                  1.13930000   -0.55160000    9.59080000
C                  2.04920000   -1.30070000   10.32030000
C                  2.75810000   -2.28340000    9.68540000
C                  2.55100000   -2.48930000    8.34850000
C                  1.68110000   -1.72640000    7.65450000
C                 -1.30810000    1.85120000    6.14010000
C                 -2.69200000    3.62460000    5.05570000
C                 -3.42870000    4.39390000    5.94690000
H                 -3.38280000    4.25630000    6.86580000
C                 -4.25040000    5.39050000    5.39480000
H                 -4.76470000    5.92510000    5.95870000
C                 -4.29820000    5.58040000    4.03820000
C                 -3.55440000    4.81860000    3.18640000
H                 -3.59180000    4.97330000    2.26760000
C                 -2.73460000    3.80390000    3.68720000
H                 -2.23310000    3.26610000    3.11940000
C                 -5.88830000    7.35800000    4.27480000
H                 -5.35740000    7.90650000    4.87030000
H                 -6.47650000    6.79680000    4.80330000
C                 -6.68830000    8.22340000    3.32050000
H                 -7.10090000    7.65470000    2.65400000
H                 -7.40140000    8.65870000    3.81740000
C                 -5.62280000   10.31680000    3.49400000
H                 -5.18850000   10.02130000    4.31030000
H                 -6.43630000   10.78630000    3.73060000
C                 -4.71620000   11.21310000    2.72900000
H                 -4.36030000   11.89710000    3.31650000
H                 -3.97100000   10.70090000    2.37800000
C                 -4.52950000   12.43480000    0.73350000
H                 -3.94830000   11.76470000    0.34310000
H                 -3.97470000   13.08890000    1.18700000
C                 -5.31980000   13.08890000   -0.31550000
H                 -5.98400000   12.46580000   -0.64670000
H                 -4.73700000   13.32580000   -1.05290000
Cl                -6.15150000   14.57310000    0.27760000
F                  0.41750000    0.35640000   10.25920000
F                  2.21680000   -1.11390000   11.61300000
F                  3.62500000   -3.00360000   10.39130000
F                  3.26390000   -3.44210000    7.72550000
F                  1.56510000   -1.93340000    6.33650000
N                 -1.89780000    2.60560000    5.59990000
O                 -5.03640000    6.55030000    3.43090000
O                 -5.91910000    9.21030000    2.67140000
O                 -5.41530000   11.82240000    1.66420000

C H N O F Cl 0
6-31G*
****
Au 0
LANL2DZ
****

Au 0
LANL2DZ

最后报错L502 如图。。。   
  请各位专家帮帮忙  应该如何解决

求大神帮忙看一下 怎么解决这样高斯计算问题
1.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼2020-05-17 20:22:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1、按楼主所说，是优化2个分子的结构，那么得到的HOMO,LUMO只可能是每一个分子的，不存在2个分子之间的HOMO,LUMO这一说法。
2、如果这2个分子之间有化学键，那么则视为一个分子，如果没有，可以视为2个片段，要在输入文件中标明每一个原子是属于哪个片段。
3、楼主不应该用手机拍照输出文件，而应该直接上传输出文件，原因有2个：一是看不清，二是可能真正出错的原因在前面
赞一下 回复此楼
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
2楼2020-05-17 21:10:10
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Nilman

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2020-05-17 21:10:10
1、按楼主所说，是优化2个分子的结构，那么得到的HOMO,LUMO只可能是每一个分子的，不存在2个分子之间的HOMO,LUMO这一说法。
2、如果这2个分子之间有化学键，那么则视为一个分子，如果没有，可以视为2个片段，要在输 ...

工整合理，逻辑清楚，赞！

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2020-05-17 21:52:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
从你的上传的截图中，勉强辨认出这个是SCF不收敛错误 。 下次确实应该直接上传log文件好一些。或者用截图功能。

这个要算两个分子的dimmer complex这没问题。但是要做好准备这个结构直接摆上就算。 一开始SCF是肯定不好收敛的。需要加关键词帮助收敛才行。这个分子不但原子众多 而且包含重金属。

一些常用的操作见我下面截图中的内容。
求大神帮忙看一下 怎么解决这样高斯计算问题-1
QQ截图20200517102603.png
赞一下 回复此楼
4楼2020-05-17 22:27:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

我试了一次 算你这个结构的SCF  

用下面的这个关键词组合 就可以SCF收敛。不过最终几何优化能不能成功还得看后续的计算。

# opt b3lyp/genecp scf(vshift=500,xqc) em=gd3bj
赞一下 回复此楼
5楼2020-05-17 23:22:52
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lirunhao

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-05-17 23:22:52
我试了一次 算你这个结构的SCF  

用下面的这个关键词组合 就可以SCF收敛。不过最终几何优化能不能成功还得看后续的计算。

# opt b3lyp/genecp scf(vshift=500,xqc) em=gd3bj

您好 试问em=gd3bj这个关键词是干嘛的 还有我在输入关键词后直接报错了...

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2020-05-18 08:24:31
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lirunhao

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-05-17 23:22:52
我试了一次 算你这个结构的SCF  

用下面的这个关键词组合 就可以SCF收敛。不过最终几何优化能不能成功还得看后续的计算。

# opt b3lyp/genecp scf(vshift=500,xqc) em=gd3bj

您好 我网上查了一下  请问 是不是算dimmer就需要加上em=gd3bj   我不清楚是不是因为版本问题所以报错的。。。
赞一下 回复此楼
7楼2020-05-18 08:47:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lirunhao

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lirunhao at 2020-05-18 08:47:59
您好 我网上查了一下  请问 是不是算dimmer就需要加上em=gd3bj   我不清楚是不是因为版本问题所以报错的。。。...

我的版本是 Gaussian 09, Revision B.01,  。。。 我查到的说 Gaussian09 D.01版才开始支持
赞一下 回复此楼
8楼2020-05-18 09:03:06
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
zhou2009: 金币+5 2020-05-18 13:51:39
引用回帖:
7楼: Originally posted by lirunhao at 2020-05-17 19:47:59
您好 我网上查了一下  请问 是不是算dimmer就需要加上em=gd3bj   我不清楚是不是因为版本问题所以报错的。。。...

毕竟是弱相互作用。B3LYP 描述这种作用非常差。  G09 D01以前的版本 D3本身不能自己添加，所以选择就很少了。估计也就只能用内置D3校正的 wb97xd 泛函了。  不过这个泛函收敛起来比B3LYP 要难些。尽量还是升级到新版的高斯使用。
赞一下 回复此楼
9楼2020-05-18 09:12:29
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lirunhao

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-05-18 09:12:29
毕竟是弱相互作用。B3LYP 描述这种作用非常差。  G09 D01以前的版本 D3本身不能自己添加，所以选择就很少了。估计也就只能用内置D3校正的 wb97xd 泛函了。  不过这个泛函收敛起来比B3LYP 要难些。尽量还是升级到新 ...

老师  那我现在的情况下  您觉得 是应该用wb97xd方法吗   关键词是这样吗 # opt wb97xd/genecp scf(vshift=500,xqc)
赞一下 回复此楼
10楼2020-05-18 10:26:43
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lirunhao 的主题更新
111/2返回列表12下一页
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫 论文翻译-EnPapers美助理教授团队-SCI英文润色
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 硕博巨婴，也许才刚刚开始 +34 SNaiL1995 2024-06-12 86/4300 2024-06-18 18:07 by 投必得科研顾问
[公派出国] 去英国的小伙伴儿都在哪儿租的房子呀？ +6 65syn 2024-06-14 9/450 2024-06-18 15:25 by icefireice
[找工作] 药学硕士找不到工作，打算去做科研助理了 +6 pom戴墨镜 2024-06-14 19/950 2024-06-18 13:06 by lialee22
[论文投稿] 最近写了一篇控制优化领域的文章，可以投哪里啊？有没有水一些的期刊推荐 +8 香瓜木香 2024-06-12 14/700 2024-06-18 11:16 by 晓目崇
[高分子] 烧瓶内合成聚酯 +3 大帝国乐 2024-06-17 7/350 2024-06-18 11:10 by 大帝国乐
[基金申请] 有人中过人文社科类的博后特助吗？ +3 outsider1986 2024-06-16 5/250 2024-06-18 11:10 by 袁天未然
[精细化工] 试剂价格 +3 旭必上岸 2024-06-17 3/150 2024-06-18 09:13 by kzx_33
[基金申请] 博后基金刷到的BUG,图片来的更直观 +12 carolloo 2024-06-17 13/650 2024-06-18 08:35 by q478652742
[找工作] 杭电、天津科技、青农和宁波工程学院如何选？ +12 味道很好啊 2024-06-13 23/1150 2024-06-17 22:16 by 半简体
[论文投稿] 论文已接收，但发现修改稿传的是旧版该怎么办？ +3 zsq54321 2024-06-15 6/300 2024-06-17 19:45 by wjykycg
[有机交流] 车间生产，真空度很高，温度很高，但减压蒸馏速度很慢。 10+12 召唤鬼泣lL 2024-06-13 38/1900 2024-06-17 16:46 by 科研虫子小助手
[基金申请] Nature 11日发文，中国著名学者们称造假迫不得已 +6 babu2015 2024-06-14 6/300 2024-06-16 18:37 by 喜欢和一氧化二�
[论文投稿] 二审返修送审10天了，原来一审的3个审稿人只有2个接受了审稿，会邀请新审稿人么？ 50+3 huanpo116 2024-06-15 5/250 2024-06-16 10:27 by bobvan
[基金申请] 博士后创新人才支持计划公示 +9 aishida144 2024-06-14 15/750 2024-06-16 09:52 by msjy
[论文投稿] 投稿时忘记修改一作 +7 gll123456 2024-06-13 11/550 2024-06-15 11:49 by gll123456
[论文投稿] 投了一篇4区的SCI，审稿人一个拒稿，一个小修，编辑给了大修。 +9 安稳22123 2024-06-13 10/500 2024-06-14 23:45 by jurkat.1640
[基金申请] 工材E10口函评结束了吗 10+3 我1的飞翔 2024-06-13 5/250 2024-06-14 06:35 by nono2009
[论文投稿] 投稿后发现其他作者的邮箱填错了该怎么办呀 10+4 在飞的猪 2024-06-13 6/300 2024-06-14 04:45 by 小虫子咔咔
[硕博家园] 机械研究生如何拿到年薪40+w +13 阿巴阿巴哦哦 2024-06-11 15/750 2024-06-13 15:40 by 113745685
[有机交流] 原料反应完了，怎么知道是产物还是中间体 +6 小胡在努力 2024-06-11 8/400 2024-06-13 13:33 by 091602
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭