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悠哉2020

铜虫 (正式写手)

[交流] 高斯找过渡态 已有3人参与

在找过渡态时,调了两个结构,都找到过渡态。这两个能量还会不一样?那是不是还会存在能量更低的过渡态,怎么解决?

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复归于海

铜虫 (正式写手)


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会的,比如说两个过渡态的结构差不多,但键的方向不同。或者说同一个基元反应有两个过渡态,且产物和反应物都相同。

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澄净
2楼2020-04-12 22:31:43
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复归于海

铜虫 (正式写手)

如果这两个过渡态差异不大且都正确的话,选最低能量的就好。

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澄净
3楼2020-04-12 22:32:51
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www1

银虫 (著名写手)

其实有两个或者多个过渡态也是正常的,其实现在的材料和计算科学都是不是什么都可以模拟的出来,而且就算是材料真的有2个过渡态也是正常的。
4楼2020-04-13 07:36:45
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悠哉2020

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 复归于海 at 2020-04-12 22:32:51
如果这两个过渡态差异不大且都正确的话,选最低能量的就好。

您好,老师。那是不是还存在没有找到的,能量更低的过渡态,怎么解决啊?

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5楼2020-04-13 08:11:43
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paramecium86

版主 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不知道你调整的TS结构 是怎么调整的,是那种变化很大的调整,还就是把若干C-C单键旋转一下那种调整。

找到多于一个过渡态的话,最好先跑一下IRC验证一下,是否这些过渡态都是连接你的反应物产物的过渡态。毕竟反应路径上,就某一步反应来说,也就是同一条势能曲线上的两个势能曲线低点之间应该有且只有一个过渡态。不同的过渡态代表了不同的反应路径。而不同的反应路径一般代表了会有很不一样的结构,和虚频的振动模式。

一般的基元反应很少见能有非常多条反应路径连接在同样的的反应物和产物之间。

而就计算来说如果是用 opt=ts 得到的有一个虚频的结构 ,那未必是连接你需要的,反应物和产物之间的那个过渡态。这时候需要IRC验证一下。IRC跑完 两端结构跟你的反应物产物结构相符才可以。

很可能调整了TS结构 跑出来IRC两端的 反应物产物结构也发生了变化。
6楼2020-04-13 09:52:12
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悠哉2020

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-04-13 09:52:12
不知道你调整的TS结构 是怎么调整的,是那种变化很大的调整,还就是把若干C-C单键旋转一下那种调整。

找到多于一个过渡态的话,最好先跑一下IRC验证一下,是否这些过渡态都是连接你的反应物产物的过渡态。毕竟反 ...

老师,那我每跑出来一个过渡态,都需要IRC验证吗?是不是有点浪费了?

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7楼2020-04-13 11:08:15
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paramecium86

版主 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by 悠哉2020 at 2020-04-12 22:08:15
老师,那我每跑出来一个过渡态,都需要IRC验证吗?是不是有点浪费了?
...

这个标准操作。每一个过渡态 都必须跑IRC。 尤其是用OPT=TS 算出来的带有一个虚频的结构,在没有用IRC确认之前,都不能确认是反应路径上的TS.
8楼2020-04-13 11:37:51
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悠哉2020

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-04-13 11:37:51
这个标准操作。每一个过渡态 都必须跑IRC。 尤其是用OPT=TS 算出来的带有一个虚频的结构,在没有用IRC确认之前,都不能确认是反应路径上的TS....

好的谢谢老师

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9楼2020-04-13 13:44:20
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