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zhumenjun

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子结构的优化,急

需要优化一种表面活性剂的结构--十六烷基溴化吡啶(CPB),优化了很多次,却总是频率分析后出现虚频,尝试了几种方法都没有消去虚频,不知道是不是初始构型不好的问题,由于本人用来计算的电脑配置不行,希望有人帮忙优化一下,或是有什么好的建议,先提前感谢一下;
以下是我计算的一部分计算文件(gif和out):http://d.namipan.com/d/3233127db ... e8ad0e610d654712900,猜想了几种初始构型,我是先在chemoffice生成结构后在再gaussian中优化计算的,用到的计算方法及机组:b3lyp/6-31g(d),希望能有人帮助一下,谢谢
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yongbinz

金虫 (著名写手)


zhumenjun(金币+1,VIP+0):谢谢 7-10 09:01
虽然本人不知道怎么做,但还是要顶一顶!
2楼2009-07-04 17:56:06
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sculhf

荣誉版主 (知名作家)

断翼天使

优秀版主优秀版主

★ ★ ★ ★
erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流 7-4 20:23
zhumenjun(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 09:01
61个原子如果电脑配置一般
的确是很麻烦的
能不能找到关于十六烷基溴化吡啶结构的参考文献
对于大分子如果你的虚频在-100以内也是合理的
可以查阅已发表的文献
PB86方法不知道你试了没有?
还有基组是否有必要加弥散?
还可以提高计算速度
谋事在人成事在天
3楼2009-07-04 20:04:34
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
zhumenjun(金币+2,VIP+0):谢谢,但你说的不是很明白 7-10 09:01
一直不明白,算这种气态离子对的结构有什么实际意义
既不是晶体,又没有溶剂化
4楼2009-07-05 05:36:33
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★
zhumenjun(金币+5,VIP+0):谢谢 是否算这种分子时不需要找到能量最低点 7-10 09:03
同意4楼
再补充一点
这种软链分子势能面极为复杂。
一方面单纯用优化的方法几乎找到global minimum。
且无法判断找到的的点是否是global minimum。

另一方面很多local minimum 的能量值相差不大,
受热运动的影响,各种构型都会占据一定比例。
即使找到一个点得出的性质,也同体系的宏观性质不是一回事。
5楼2009-07-05 09:09:13
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szmeng

至尊木虫 (文坛精英)


zhumenjun(金币+1,VIP+0):谢谢 7-10 09:03
Br原子赝势基组液能节省时间。
6楼2009-07-05 09:47:08
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

★ ★
zhumenjun(金币+2,VIP+0):谢谢,如何将碳链固定或是否不需要优化结构 7-10 09:05
LZ你 做这个分子的优化没有任何意义,光碳链的构象就能让你数不过来。不知道你要用这个分子做什么东东。如果是做分子模拟之类的工作的话不用优化,结构合理点就可以了(用分子力学稍微优化下就行了)。如果你是想做单纯的分子间反应的话还是用从头算优化吧,但是建议你把碳链固定下。
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
7楼2009-07-05 10:21:45
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