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[求助]
求助sybyl 实现如下操作。（视频或图文并茂）
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一、能量优化。1）限制蛋白质和配体小分子（300kcal/mo·Å2)。2、限制蛋白质的骨架和小分子，优化残基的侧链。3、限制蛋白质骨架α碳原子和小分子配体上的重原子，同时减小限制力(200 kcal/mol·Å2)。4、限制蛋白质骨架上的α碳原子，并且进一步减小限制力(0.5 kcal/mol·Å2)。5、放开限制，对整个体系进行优化。能量优化过程中每步都优化2000步，前1000步为最陡下降法，后1000步为共轭梯度法。 二、分子模拟。1、用1ps的时间使体系的溶剂环境从10K升温到110K，对蛋白质和配体小分子进行限制(300 kcal/mol·Å2)。2、用10ps时间将体系从10K升温到298.25K。3、采用比较弱的限制限制体系中比较重要但是不是非常稳定的水桥氢键作用，一般时间设置为10-300ps根据具体情况选择。4、放开所有限制，进行模拟。前两步升温在恒容条件下进行，后两步在恒温恒压下进行。 |
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2楼2020-06-04 17:51:12