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狼狼乾坤

铁杆木虫 (职业作家)

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[资源] 【原创】lammps菜鸟经历

前言：菜鸟经历，欢迎见笑
一、系统
Debian的新立得软件包经常出问题，dpkg包坏掉的解决办法：
su opt-get install  –f
还经常出的一个问题就是安装软件过程中提示某个地方少了个冒号，解决办法：gedit /var/lib/dpkg/status，这样就打开了这个文件，直接在其提示的地方把冒号删掉就正常了，对于我这样的电脑白痴来说，真是简易可行的好方法，百试不爽！
二、安装
基本按下面这个过程安装的，自己还修改了一些makefile，不是完全参照的。安装中提示很多文件不能识别，查的原因是缺少头文件，在fix_poems.cpp中添加#include，问题解决。（{}内容转自网络）

{下载并解压缩源文件包以后，进入解压后路径下的src/目录，只要简单的“make debian”就可以得到可执行文件(lmp_debian)
得到lmp_debian之后，就可以运行那些例子了。但是你并没有得到lammps所支持的所有功能。lammps支持package，有系统自带的也有用户自行开发的。默认只编译"kspace", "manybody", 和"molecule"三个系统自带的包。其他还有一些“ asphere class2 colloid dipole dpd granular meam opt poems xtc”包没有编译进可执行程序，也就是说你不能使用那些额外功能。如果需要全部编译。这可以通过先“make yes-all”然后“make clean”,"make debian"来完成。
稍微有一点麻烦的是，有两个包“meam”和“poems”是第三方开发的独立程序，源代码并没有在src目录下。你需要到../lib/中才可以看见它们的目录，需要分别编译。
先说poems，应该用用于刚体模拟的，进入lib/poems/后，直接“make Makefile.g++”
再说编译meam，这个meam是fortran写的，前面由于已经安装了gfortran，作者也给了Makefile.gfortran,所以只要“make Makefile.gfortran”即可得到libmeam.a了
到这里，我们准备好了所有的lammps附属包，可以重新编译最终的可执行文件了。为了能让编译器找到需要库和头文件，我们还需手工修改一下makefile。我这里就是修改src/MAKE/Makefile.debian。要改这三行：
CCFLAGS = -g -O -I/usr/lib/mpich/include/ -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -I/lammps全路径/lib/poems/ -I/lammps全路径/lib/meam/
LINKFLAGS = -g -O -L/lammps全路径/lib/poems/ -L/lammps路径/lib/meam/
USRLIB = -lfftw -lmpich -lpoems -lmeam -lgfortran -lgfortranbegin
注意加粗的地方是要添加的。大致的意思就是告诉编译器哪里有额外的库文件，头文件。}

三、使用
1、in文件执行到创建原子之后就不运行了，出错提示：ERROR:interrupt  SIGSEGV
从网上查的说是内存的原因，还有说是并行环境的原因。但是之前的例子文件运行都没有问题。后来在分子模拟论坛上看到一个类似的情况，用的是amber，出现相同的错误提示，最后找出原因是键长超出范围。受此提示，我认为是自己建模不合理，修改了几次，还是不对。后来才意识到是eam势文件的问题，从网上下载的那个根本不是eam势文件。于是利用eam_generate中的程序自己生成势文件。
2、生成势文件中遇到的小问题：执行gcc  ~.c，出错，提示未定义pow.exp.log，但是我安装了math库的，重新安装了gcc也不行。后来从网上查到：执行gcc –lm ~.c，终于可以了。群里的专家给的解释：应该通知编译器，编译过程要用到那些库。
执行后生成一个a.out文件，双击之后生成需要的eam势文件。
3、继续运行in文件，出错提示：invalid mass value。原子的mass是在eam势文件中给出的，于是检查eam势文件，发现其与手册上给出的eam势文件的格式不一致，2、3行顺序颠倒了。于是修改了顺序。
4、继续运行又报错：ERROR:interrupt  SIGSEGV。继续检查eam势文件，3、4行中间多了个空行，删除了这个空行，问题解决。
5、在第25步时，报错：ERROR:interrupt  SIGSEGV，发现是温度异常。现在不晓得是eam势文件的问题还是in文件写的不对，未完待续……

结语：马上研三了才到这个程度，心急如焚~

6、使用lattice命令控制晶格方向，注意要符合右手规则
7、在第一次使用region命令之前需要指定lattice，注意第一个lattice与创建原子时第一个lattice方向的一致性，否则模型异常
8、构建界面结构时，会有一层重叠的原子，此时的计算结果中会出现nan项，计算终止。因此在构建界面时，应该删除界面上的重叠原子，命令是delete_atoms overlap 0.1 group1 group2

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:22 ]

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