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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】如何做电荷密度图和差分电荷密度图?
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zhou2009

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yuhuobuku(金币+2,VIP+0):谢谢交流 7-7 13:56
生成电荷密度时，用SCF。

在控制行中加关键词cube=(Orbitals,cards)

或者调用cubegen命令来作。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-7-4 at 14:59 ]
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11楼2009-07-04 08:46:27
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
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也就是说直接优化结构，然后生成FCHECK文件，再生成 CUBE文件就可以了？可是有大侠讨论过，说SCF生成的电荷分布不太合理，甚至是有些离谱，建议用NBO布居分析的结果来代替，那么，用这样的数据来讨论是否会有问题呢？
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12楼2009-07-04 09:04:46
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zhou2009

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erylingjet(金币+5,VIP+0):感谢交流 7-4 20:21
是的，直接优化结构，然后生成FCH文件，再生成 CUBE文件就可以了。
但是如果是作Δρ，直接用关键词CUBE，就直接生成CUBE文件了。

说SCF生成的电荷分布不太合理，甚至是有些离谱，建议用NBO布居分析的结果来代替，那么，用这样的数据来讨论是否会有问题呢？

这是两回事。

SCF生成的电荷分布不太合理，甚至是有些离谱，不是SCF的问题，而是将SCF的数据此后进一步分析为集居数产生的问题，如将成键原子中间的电子均分给原子双方、更严重的是将σ、π、pi、δ等电子的变化头发胡子一把抓地归结到一个原子上形成净电荷造成的，实与SCF无关。

NBO布居分析也是为了解决将电荷划归原子而作出的后处理，也还远不能令人满意，同样会生成的电荷分布不太合理，甚至是有些离谱。并没有从根本上解决问题。

这些，都是习惯将电荷人为地划分给原子惹的祸。

而ρ、Δρ它直接从SCF来，它是空间分布在原子周围的，ρ是真实的形象表达，Δρ是如实的科学抽象的图形表达，原子上的净电荷还原为电荷在空间的净变化了，都没有什么人为造成的错处。
它既不将成键原子中间的电子均分给原子双方，它就是一个空间如实的分布。还会将σ、π、pi、δ等电子的变化分别去作出图来研究、考察。

为此，我正在写一篇这方面的文章，专门讲电荷。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-7-4 at 10:19 ]
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13楼2009-07-04 09:47:41
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
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希望能早日看到你的大作。想学习理论计算，看来要学的东西还很多。不过目前就你看来，对于原子电荷，哪种理论方法更合理一些？毕竟时常有人借原子电荷的分布来讨论反应的亲电性或亲核性。
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14楼2009-07-04 09:55:01
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zhou2009

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erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 7-4 20:21
我也一直在寻找，但我认为，目前把分子中电荷归结为原子的净电荷方法尚没有合理的、合用的。
也许传统的一定要把电荷人为划归原子本来就不是合理的，不反映客观存在。

所以可以用ρ图或Δρ图来看。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-7-4 at 15:24 ]
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15楼2009-07-04 10:25:51
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yytsnake

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erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 7-5 17:47
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-7-4 10:25:
我也一直在寻找，但我认为，目前把分子中电荷归结为原子的净电荷方法尚没有合理的、合用的。
也许传统的一定要把电荷人为划归原子本来就不是合理的，不反映客观存在。

所以可以用ρ图或Δρ图来看。

[ La ...

菜鸟的问题：
NBO分析可同时产生AOs和MOs（同时有PNAOs和PNMOs）能否利用这些轨道来计算电子密度图和差图？这样可以省略单算AOs的过程，同时保证所有的数据均在同等环境下产生。
下图是用NBO的一个π轨道经GSGRID平方乘2生成的图形。请大侠指教。
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16楼2009-07-05 11:10:52
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zhou2009

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erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 7-5 17:47
这种方式我没有试过。

我想，关键是看能否进入cubegen中，另外计算出在空间格点的每一个点的电子密度值来，有了这些格点值，才能选取截面作出等值线来。

仅仅是给出一个值、或球棒式的表达，是不能计算出在空间格点的每一个点的电子密度值的。

这种截面或说剖面，比球棒式的表达更加深入内部。而且才能作出密度差来。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-7-5 at 14:18 ]
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17楼2009-07-05 14:14:01
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yytsnake

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erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 7-5 17:47
我是这样考虑的：
1. 在CHEMCRAFT中，可以选择任意的轨道生成CUB文件（选择PNAOs和PNMOs），这种文件可以被GV识别并作图，但不知这是不是标准的或格式化的CUB文件。
2. 利用GSGIRD将轨道文件平方（成键轨道再乘以2），变成电子密度文件（？）
3. 利用GV可以查看3D或指定平面的等高线图（如上帖之图）
4. 利用GSGRID提取指定平面的电子密度数据（成键轨道^2及相应的原子轨道^2）
5. 利用其它数据处理软件作等高线密度差图。
不知这样是否合理？有没有确定的意义？
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18楼2009-07-05 15:38:23
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zhou2009

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erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 7-5 17:47
关键一步是：选择任意的轨道生成CUB文件（选择PNAOs和PNMOs）。

我想如果运行cubegen，它自动去找指定SCF的MO，不会去找PNAOs和PNMOs。PNAOs和PNMOs可能是cubegen不能识别的。

我还认为SCF的MO比PNMOs要好。PNMOs只是经过处理使原子净电荷可能好一点。真正的最原始的信息还是SCF的MO。
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19楼2009-07-05 16:48:19
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
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erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 7-5 17:47
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-7-5 15:38:
我是这样考虑的：
1. 在CHEMCRAFT中，可以选择任意的轨道生成CUB文件（选择PNAOs和PNMOs），这种文件可以被GV识别并作图，但不知这是不是标准的或格式化的CUB文件。
2. 利用GSGIRD将轨道文件平方（成键轨道再乘以2），变成电子密度文件（？）
3. 利用GV可以查看3D或指定平面的等高线图（如上帖之图）
4. 利用GSGRID提取指定平面的电子密度数据（成键轨道^2及相应的原子轨道^2）
5. 利用其它数据处理软件作等高线密度差图。
不知这样是否合理？有没有确定的意义？

如果是我，我会这样做，yytsnake不要见笑：
1. 在Gaussian中，可以选择任意的轨道，利用cubegen生成CUBE文件（MO）
2. 在Gaussian中，可以选择density，利用cubegen生成CUBE文件（电子密度图）
3. 利用GV可以查看3D或指定平面的等高线图
4. 利用GV提取指定平面的电子密度数据（成键轨道^2及相应的原子轨道^2）
5. 利用GV作等高线密度差图。
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20楼2009-07-05 16:49:01
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