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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】如何做电荷密度图和差分电荷密度图?

如何做电荷密度图和差分电荷密度图?

                         望高手赐教!


                                                想要那种平面分布的轮廓图


[ Last edited by erylingjet on 2009-7-2 at 10:55 ]
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★ ★
erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 7-5 17:47
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-7-5 15:38:
我是这样考虑的:
1. 在CHEMCRAFT中,可以选择任意的轨道生成CUB文件(选择PNAOs和PNMOs),这种文件可以被GV识别并作图,但不知这是不是标准的或格式化的CUB文件。
2. 利用GSGIRD将轨道文件平方(成键轨道再乘以2),变成电子密度文件(?)
3. 利用GV可以查看3D或指定平面的等高线图(如上帖之图)
4. 利用GSGRID提取指定平面的电子密度数据(成键轨道^2及相应的原子轨道^2)
5. 利用其它数据处理软件作等高线密度差图。
不知这样是否合理?有没有确定的意义?

如果是我,我会这样做,yytsnake不要见笑:
1. 在Gaussian中,可以选择任意的轨道,利用cubegen生成CUBE文件(MO)
2. 在Gaussian中,可以选择density,利用cubegen生成CUBE文件(电子密度图)
3. 利用GV可以查看3D或指定平面的等高线图
4. 利用GV提取指定平面的电子密度数据(成键轨道^2及相应的原子轨道^2)
5. 利用GV作等高线密度差图。
20楼2009-07-05 16:49:01
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jjf_sxnu

铜虫 (正式写手)

★
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流 7-2 15:05
molden is a software to do it.
2楼2009-07-02 11:20:57
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zhou2009

版主 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
erylingjet(金币+9,VIP+0):非常感谢! 7-2 15:06
erylingjet(金币+1,VIP+0):你的邮箱发不进去,可以用QQ联系你吗?313607126 7-2 17:59
想来版主是明知故问,意在促进量化图形展示?
我也有意促进量化图形展示,认为量化图形展示对量化结果应用非常重要,故跟帖造势,以期得到重视、推广。

请见我的帖子:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1275706&fpage=1
以及我关于此问题的跟帖:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1280524&fpage=7

建议走g03-gsgrid-sigmaplot的路子。

可以联系我:
zhouguo@public.szptt.net.cn
QQ:1035329451  海边子

下面是例子:

HF分子σ成键的电子密度差图:



[ Last edited by zhou2009 on 2009-7-3 at 08:55 ]
3楼2009-07-02 14:39:46
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zhou2009

版主 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流 7-2 17:36
HF分子σ成键的电子密度图:

4楼2009-07-02 16:22:38
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