| 查看: 5102 | 回复: 24 | ||||||||
| 当前主题已经存档。 | ||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||||
erylingjet铁杆木虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】如何做电荷密度图和差分电荷密度图?
|
|||||||
|
如何做电荷密度图和差分电荷密度图? 望高手赐教!  想要那种平面分布的轮廓图 [ Last edited by erylingjet on 2009-7-2 at 10:55 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理 | 实验数据作图 | 计算化学 | 理论和计算化学－淘贴专辑 |
| 量化 |
» 猜你喜欢
070300一志愿211，312分求调剂院校
已经有14人回复
-
26年储能、电池方向博士申请
已经有2人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有60人回复
-
070300化学求调剂
已经有13人回复
-
青岛大学化学化工学院2026年招收调剂硕士研究生
已经有0人回复
-
北方工业大学085808储能技术-02方向（电池）接收调剂生
已经有0人回复
-
272求调剂，接受跨专业调剂！
已经有3人回复
-
有一区TOP论文，求调剂
已经有22人回复
-
大连工业大学杰青/长江团队-生物质材料-储能电池方向招收2026级博士生
已经有14人回复
-
2026贵州大学博士招生
已经有0人回复
-
青岛大学化学化工学院2026年招收调剂硕士研究生
已经有0人回复
zhou2009
版主 (著名写手)
- QC强帖: 15
- 应助: 337 (大学生)
- 贵宾: 4.053
- 金币: 42654.6
- 红花: 153
- 帖子: 1729
- 在线: 1274.7小时
- 虫号: 676800
- 注册: 2008-12-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+10,VIP+0):谢谢 可以开专贴了 呵呵 7-3 11:30
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+10,VIP+0):谢谢 可以开专贴了 呵呵 7-3 11:30
|
人们从化学实践出发，对分子的电子结构一直非常关注。多年来，人们总是想探讨分子中原子的性质，特别是分子中原子的净电荷，提出了各种计算方法，并进行了不断地改进，然而至今都还不能令人满意。特别是原子净电荷划分、计算还远不够完善合理，使得净电荷有时与实验的预期相差太远，许多净电荷异常到不可思议的地步，致使人们对量化计算出的电荷失去信心。 在量化图形中，电子密度差Δρ尤其重要！它应是传统的原子净电荷概念的扩大和空间化，它直接从MO而来，真实地、科学抽象地表现了电荷在分子空间分布的净变化，不再只将净电荷人为地局限、归结、划分在某个原子上。 我们如果仅看分子轨道图、电子密度图，象上面的HF分子的σ键电子密度图，它是据HF分子第3个MO即σ键作的电子密度图，它们那么浑圆、憨厚、质朴，很难看出什么。它是一片云，难察其意。而一旦作出了电子密度差，成键原子前后变化、分子之间络合、氢健、吸附等，电子增减的净变化，被鲜明地、细微地突出了，可以发现许多新东西、意想不到的东西，从而引人入思。 如从上面的HF分子的σ键电子密度差图Δρ，并参照MO系数来看,这个σ键可以分析为三个内含： 第一、原子以基组形式参与成键，这基组或者可以看作是广义的杂化。 对于成键来说，基组一方面是为了弥合不同AO的波形的差距，融合成平滑、完整、统一的MO，另一方面是为了应对键间电子向键轴的聚集、收缩和原子之间的电子转移。 基组不仅是计算需要的一组数学表达式，当它们分配了系数、安排了电子，它就形成了一个新的广义杂化的空间AO，是具有能级值或说是电负性的，是有确定物理意义的，它是成键电子的载体、基础。 第二、电子在不同电负性原子之间转移。 从HF分子Δρ图可以清楚地看到，H缺失了大量的电子，导致电负性升高；F增加了大量的电子，导致电负性降低，直至二者电负性相等、均衡。 有趣的是，通常说sp杂化，用增大的一瓣去成键以增大重叠能力。但在HF中，MO的基组中s、p却是反位相的杂化，即HF以缩小的一瓣去成键，而用增大的一瓣去装转移过来的过多电子，这转移电子妥善安排在离键区远的外面集结。 第三、电子向键中间中移。 从HF分子Δρ图看，在H和F之间也有明显的电子聚集。这是人所共知的成键的关键表征。 此外，这种电子往键中间聚集、形成对二核的屏蔽加强，会减小原子核之间的排斥力，有利于降低体系的总体能量。 然而，所有上面这一些图形功能，单从gs03 cube并不能直接、方便地得到。 对于G03来说，它的cubegen是能作density和Orbitals等的空间格点的。 但是它的density（ρ）只是全分子的，分子的所有MO的电子密度加和，还自然包含分子中的1S、2S轨道，用图形展示出来是一个圆滚滚的样子，很难说明什么，也不利作密度差。 我们常常需要考察的是分子成键的单个特定的MO（或者孤对电子MO等）。 而G03的cubegen不能作某个MO的ρ，将某个MO的cube输入到cubman也不能作平方运算作成ρ，因为cubman缺少平方运算。 而且cubegen的空间数值格点输出文件，是没有坐标的。它的坐标隐含在输出文件的开始部分：空间网格每个边的格点数、空间格点的起始点、格点间隔。除了与其配套的软件外，其它软件很难用这个数据加工或作图。 Sobereva 博士专门开发的gsgrid程序就是为解决上述问题制作的，它把格点文件的数据提取出来，附上每个数据点的坐标。可以选取指定的XY/YZ/XZ平面，得到这个平面上的数据点以便做等值线图（MO图、ρ图），或对数据进行各种运算加工（作平方、作差值等），然后再作等值线图（Δρ图）。 gsgrid程序附有详细的使用说明，一看就会。 而进入高超的sigmaplot中作等值线，更是功能强大、得心应手！ [ Last edited by zhou2009 on 2009-7-3 at 10:46 ] |
7楼2009-07-03 10:38:49
2楼2009-07-02 11:20:57
zhou2009
版主 (著名写手)
- QC强帖: 15
- 应助: 337 (大学生)
- 贵宾: 4.053
- 金币: 42654.6
- 红花: 153
- 帖子: 1729
- 在线: 1274.7小时
- 虫号: 676800
- 注册: 2008-12-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
erylingjet(金币+9,VIP+0):非常感谢! 7-2 15:06
erylingjet(金币+1,VIP+0):你的邮箱发不进去,可以用QQ联系你吗?313607126 7-2 17:59
erylingjet(金币+9,VIP+0):非常感谢! 7-2 15:06
erylingjet(金币+1,VIP+0):你的邮箱发不进去,可以用QQ联系你吗?313607126 7-2 17:59
|
想来版主是明知故问，意在促进量化图形展示？ 我也有意促进量化图形展示，认为量化图形展示对量化结果应用非常重要，故跟帖造势，以期得到重视、推广。 请见我的帖子： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1275706&fpage=1 以及我关于此问题的跟帖： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1280524&fpage=7 建议走g03-gsgrid-sigmaplot的路子。 可以联系我： zhouguo@public.szptt.net.cn QQ:1035329451 海边子 下面是例子： HF分子σ成键的电子密度差图：  [ Last edited by zhou2009 on 2009-7-3 at 08:55 ] |
3楼2009-07-02 14:39:46
zhou2009
版主 (著名写手)
- QC强帖: 15
- 应助: 337 (大学生)
- 贵宾: 4.053
- 金币: 42654.6
- 红花: 153
- 帖子: 1729
- 在线: 1274.7小时
- 虫号: 676800
- 注册: 2008-12-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
4楼2009-07-02 16:22:38
