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shuiquangou金虫 (正式写手)
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基因组序列注释
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研究的物种已经测序，但基因组组装还不完善。现在基因组注释信息有预测的转录本和同源注释信息，但未向其它测序物种那样直接给出编码的氨基酸和cds序列。现有基因的转录本序列（包含UTR，但未注明UTR位置）、文献中给出的bed12文件（转录本位置，转录本各exons起始位置），如何得到与bed12文件相一致的氨基酸序列和cds序列？有什么软件可以实现么？ 注：同一基因位置可能存在多个转录本，利用getorf或orf-finder处理会出现不同转录本一个cds情况，transdecorder预测的又与文献中的结果有出入，在尊重原文献研究成果情况下，如何得到相应的所有cds？ |
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