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Hewei金虫 (文坛精英)
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[交流]
【求助】问如何优化Two-Probe System构象并计算相关性质
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各位好,我要咨询一下有关ATK$VNL的使用问题. 先要说明一下,我是纯搞实验的,因此对于利用软件模拟一窍不通,如果有朋友说建议我先好好看看说明书的话,我说看过了,基本上很多概念都看不懂,我也不想花很长时间钻研,没时间.在我的整个实验过程中合成就花了将近3年的时间,现在测量已近尾声,我只想简单模拟一下就写篇文章而已,不想在理论模拟领域再牵扯太多精力,累!!!! 我的工作是将单分子固定在两个金电极之间,测量单分子电导.现在需要解决的问题是 (1)借助ATK$VNL计算优化TWO-PROBE SYNTEM的构象,散射区有机分子的构象已经借助Gaussian03优化完了,坐标可以直接在VNL中输入,现在就是不知道如何固定整个分子,而让两个金电极整体移动来优化构象. (2)优化完的构想要计算HOMO,LUMO能级,DOS,LDOS和传导谱,以及体系在-0.3V到0.3V之间的I-V曲线. 上述工作最好在VNL里面完成,ATK的操作环境有点晕,谢谢! 谁能帮忙请给出具体操作步骤,尽可能详细一点,本人在理论模拟领域是个文盲!!! 觉得金币不够可以商量,适当增加!!! |
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xhsh
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Hewei(金币+3,VIP+0):多谢赐教，有空再多交流交流！ 6-27 20:55
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 6-27 21:01
Hewei(金币+3,VIP+0):多谢赐教，有空再多交流交流！ 6-27 20:55
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 6-27 21:01
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你的要求并不高。既然说要固定整个分子而整体移动电极，那么可以人为设定一系列分子到电极的距离d，计算一个能量－距离（E-d）曲线，得到对应最低能量的距离作为分子到电极的平衡距离。 对于这样一个两端系统，谈HOMO和LUMO是不现实的。但是可以计算分子的MPSH，这里可以得到HOMO和LUMO的一些信息，即受电极影响后的HOMO和LUMO。至于其它的，都可以很容易得到。给一个输入文件模板，自己只需要知道输入原子坐标以及其它一些简单信息即可。 |
2楼2009-06-27 20:28:28
lyp0801
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3楼2009-07-09 08:14:18
